Don't understand dandi validation error:

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評価

難易度
4/5
見積もり時間
3〜5日
初心者へのやさしさ
25/100
issue の種類
バグ
明瞭さ
説明が足りない
活発さ
停滞
技術スタック
python
領域
cli

調査の方向性

まず、示されている NWB 構築で報告された検証エラーを再現し、次に dandi organize と dandi upload の検証エントリポイントを追跡します。DynamicTable に表示される id フィールドと、バリデーターが期待する ElementIdentifiers 型を比較します。原因と必要な対応が文書化されるか、検証パスがこのケースを回帰テスト付きで正しく処理できれば完了です。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

説明

I'm attempting to run dandi organize and dandi upload on some NWB files I've generated. I get the following dandi validation error:

2025-05-06T03:54:53+0000 [WARNING ] dandi 1370:139809792194304  Error 1: ValidationResult(id='pynwb.DynamicTable (processing/eye_tracking/ellipse): missing data type ElementIdentifiers (id)', origin=ValidationOrigin(name='pynwb', version='2.8.3', bids_version=None), scope=<Scope.FILE: 'file'>, severity=<Severity.ERROR: 3>, asset_paths=None, within_asset_paths={'/tmp/nxf.8M0y39gRXN/capsule/results/001417/sub-752311/sub-752311_ecephys.nwb': 'processing/eye_tracking/ellipse'}, dandiset_path=None, dataset_path=None, message='Failed to validate. missing data type ElementIdentifiers (id)', metadata=None, path=PosixPath('/tmp/nxf.8M0y39gRXN/capsule/results/001417/sub-752311/sub-752311_ecephys.nwb'), path_regex=None)

The code I'm using to package this portion of the NWB is as follows:

    eye_tracking_df_new = pd.DataFrame({
        'name': ['eye_tracking'] * len(eye_tracking_df),
        'reference_frame': ['nose'] * len(eye_tracking_df),
        'data_x': eye_tracking_df['eye_center_x'],
        'data_y': eye_tracking_df['eye_center_y'],
        'area': eye_tracking_df['eye_area'],
        'area_raw': eye_tracking_df['eye_area_raw'],
        'width': eye_tracking_df['eye_width'],
        'height': eye_tracking_df['eye_height'],
        'angle': eye_tracking_df['eye_phi'],
        'timestamps': eye_tracking_df['timestamps']
    })
    ellipse_eye_tracking = pynwb.core.DynamicTable.from_dataframe(
            name="ellipse",
            df=eye_tracking_df_new
    )
    eye_mod = pynwb.ProcessingModule("eye_tracking", "eye tracking data")
    nwb_file.add_processing_module(eye_mod)
    eye_mod.add_data_interface(ellipse_eye_tracking)

Printing this field of the nwb displays

n>>> nwb.processing['eye_tracking']['ellipse']
ellipse hdmf.common.table.DynamicTable at 0x139866740202080
Fields:
  colnames: ['name' 'reference_frame' 'data_x' 'data_y' 'area' 'area_raw' 'width'
 'height' 'angle' 'timestamps']
  columns: (
    name <class 'hdmf.common.table.VectorData'>,
    reference_frame <class 'hdmf.common.table.VectorData'>,
    data_x <class 'hdmf.common.table.VectorData'>,
    data_y <class 'hdmf.common.table.VectorData'>,
    area <class 'hdmf.common.table.VectorData'>,
    area_raw <class 'hdmf.common.table.VectorData'>,
    width <class 'hdmf.common.table.VectorData'>,
    height <class 'hdmf.common.table.VectorData'>,
    angle <class 'hdmf.common.table.VectorData'>,
    timestamps <class 'hdmf.common.table.VectorData'>
  )
  id: id <class 'hdmf.common.table.ElementIdentifiers'>
主要言語
Python
スター
28
フォーク
37
平均マージ
3日 21時間
マージ済み PR（30日）
13

環境構築

このプロジェクトには開発コンテナ、Dockerfile、コントリビューションガイドがありません。まず README を読み、一般的な手順ははじめてのコントリビューションガイドを参照してください。

はじめの一歩

  1. issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
  2. 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
  3. リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
  4. issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。

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