Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

Kilosort 2 fails on extremely large "spike" trains

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#85 1 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
3/5
Thời gian dự kiến
1-2 ngày
Mức phù hợp với người mới
45/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
docker, matlab
Lĩnh vực
devops

Hướng nghiên cứu

Start by inspecting the v2.0.2 mainLoop/runTemplates.m entry point and the repository's existing Docker files. Verify how the container runs Kilosort 2 for large spike trains, then ensure the requested fallback to economy-size decomposition is included and the container can complete this case without the gpuArray/eig convergence error.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

KS2 throws an error when it finds a huge number of spikes:

        "Number of spikes before applying cutoff: 36449620",
        "----------------------------------------Error using gpuArray/eig",
        "EIG did not converge at index = 881672."

There is a very easy fix that doesn't appear in the docker and the docker is the only way to run KS2 on later versions of Ubuntu.

Would it be possible to add a container with a try and catch added to runTemplates.m in order to use the economy decomposition when huge spiketrains are found?

    try
        [A, B, C] = svdecon(UA);
    catch
        [A, B, C] = svd(UA,"econ");
    end

The economy-size decomposition removes extra rows or columns of zeros from the diagonal matrix of singular values, S, along with the columns in either U or V that multiply those zeros in the expression A = USV'. Removing these zeros and columns can improve execution time and reduce storage requirements without compromising the accuracy of the decomposition.
https://www.mathworks.com/help/matlab/ref/double.svd.html#d126e1780458

I added this issue to the KS2 repo but I don't have much hope of it being incorporated there now that they are focused on KS4+.

Ngôn ngữ chính
Dockerfile
Star
9
Fork
8
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Chuẩn bị môi trường

Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của SpikeInterface/spikeinterface-dockerfiles

Tất cả issue của SpikeInterface/spikeinterface-dockerfiles

Issue tương tự

Thêm issue về DevOps

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.