Kilosort 2 fails on extremely large "spike" trains
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Evaluación
- Dificultad
- 3/5
- Tiempo estimado
- 1-2 días
- Aptitud para principiantes
- 45/100
Línea de trabajo
Start by inspecting the v2.0.2 mainLoop/runTemplates.m entry point and the repository's existing Docker files. Verify how the container runs Kilosort 2 for large spike trains, then ensure the requested fallback to economy-size decomposition is included and the container can complete this case without the gpuArray/eig convergence error.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
KS2 throws an error when it finds a huge number of spikes:
"Number of spikes before applying cutoff: 36449620",
"----------------------------------------Error using gpuArray/eig",
"EIG did not converge at index = 881672."
There is a very easy fix that doesn't appear in the docker and the docker is the only way to run KS2 on later versions of Ubuntu.
Would it be possible to add a container with a try and catch added to runTemplates.m in order to use the economy decomposition when huge spiketrains are found?
try
[A, B, C] = svdecon(UA);
catch
[A, B, C] = svd(UA,"econ");
end
The economy-size decomposition removes extra rows or columns of zeros from the diagonal matrix of singular values, S, along with the columns in either U or V that multiply those zeros in the expression A = USV'. Removing these zeros and columns can improve execution time and reduce storage requirements without compromising the accuracy of the decomposition.
https://www.mathworks.com/help/matlab/ref/double.svd.html#d126e1780458
I added this issue to the KS2 repo but I don't have much hope of it being incorporated there now that they are focused on KS4+.
- Lenguaje dominante
- Dockerfile
- Estrellas
- 9
- Forks
- 8
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Preparar el entorno
Este proyecto no incluye contenedor de desarrollo, Dockerfile ni guía de contribución, así que la configuración corre por tu cuenta: empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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docker, kilosort4, blackwellQuizá libre de nuevo @alejoe91 la tomó hace 148 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto
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