Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

Think about adding `templating` when generating TS guesses

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#33 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
5/5
Thời gian dự kiến
Hơn một tuần
Mức phù hợp với người mới
25/100
Loại issue
Tính năng
Độ rõ ràng
Cần làm rõ
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
python
Lĩnh vực
backend

Hướng nghiên cứu

No implementation file, test, or entry point is named. Start by locating the code that generates transition-state guesses and compare its current approach with the templating workflow described in the issue and paper. Done means the scope and design are established, including template matching and atom correspondence.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

From reading about other tools, many will template when generating a TS guess. From the AutoTS paper

In addition to interpolation, we have the ability to use geometric information from a previously located TS. We refer to this approach as templating and to the predefined TS geometries as templates. TS templates, along with the reactant and product geometries that they connect (as verified by an IRC calculation), are stored in an auxiliary computer file. Several string representations of the input reaction are generated and used to search this template file for matching reactions. Each representation is of a particular order, i, and is constructed by generating SMILES strings for the atoms in the reaction center plus all (i – 1)th nearest neighbors. We tend to use only three orders starting with i = 1. The SMILES patterns of the reactant and product structures are combined with the symbol “≫” as in reaction SMILES. The algorithm has the preference for matches at the highest order attainable.
Once it is recognized that a usable template exists, we extract it from the file and compute an atom correspondence between the input structures and template structures. This is done by utilizing an MCS algorithm, which computes a bijection for the reaction center atoms. The reaction matching described above guarantees that the reaction center and possibly some number of neighbors make up a substructure shared between the reactant and product.

Ngôn ngữ chính
Python
Star
51
Fork
19
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Chuẩn bị môi trường

Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của ReactionMechanismGenerator/AutoTST

Tất cả issue của ReactionMechanismGenerator/AutoTST

Issue tương tự

Thêm issue về Python

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.