Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

ProbMapProducer raises IndexError on numpy 2.x: SlidingPatchWSIDataset emits float locations

Đang mở Phù hợp với người mới
  • Có gì không ổn?
#9,135 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

@nilapate đang làm issue này rồi.

Từ ngày 28/9/2026.

  • #9136 của @nilapate — đang mở

Đánh giá

Độ khó
2/5
Thời gian dự kiến
1-3 giờ
Mức phù hợp với người mới
82/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Đặc tả rõ ràng
Mức độ hoạt động
Sôi nổi
Công nghệ
numpy, python, pytorch
Lĩnh vực
data, machine-learning

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu với SlidingPatchWSIDataset và MaskedPatchWSIDataset, so sánh cách mỗi dataset xây dựng ProbMapKeys.LOCATION, sau đó kiểm tra việc lập chỉ mục trong monai/handlers/probability_maps.py. Tái hiện với NumPy 2.x bằng snippet được cung cấp và suy luận theo cửa sổ trượt; được xem là hoàn tất khi metadata vị trí có kiểu dữ liệu số nguyên và ProbMapProducer lập chỉ mục bản đồ xác suất mà không gặp IndexError.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

Describe the bug

SlidingPatchWSIDataset builds ProbMapKeys.LOCATION with np.round(...) and never casts back to int, so the metadata is float64. ProbMapProducer uses it directly as an array index, which numpy 2.x rejects:

IndexError: only integers, slices (`:`), ellipsis (`...`), numpy.newaxis (`None`)
and integer or boolean arrays are valid indices

MaskedPatchWSIDataset already calls .astype(int) on the same key, so the two datasets emit different dtypes.

To Reproduce

Steps to reproduce the behavior:

To Reproduce

Steps to reproduce the behavior:

  1. Install: pip install "monai==1.6.1" "numpy>=2.0" torch tifffile
  2. Run: 
    import numpy as np, tifffile, tempfile, os
from monai.data import SlidingPatchWSIDataset
from monai.utils.enums import WSIPatchKeys, ProbMapKeys

path = os.path.join(tempfile.mkdtemp(), "slide.tiff")
tifffile.imwrite(path, np.random.randint(0, 255, (4, 4, 3), dtype=np.uint8), photometric="rgb")

ds = SlidingPatchWSIDataset(
    data=[{"image": path, WSIPatchKeys.LEVEL: 0}], patch_size=(2, 2), reader="TiffFile")
print(ds.data[0][ProbMapKeys.LOCATION.value].dtype)
    Output: float64 (expected an integer dtype)
  3. Run sliding-window WSI inference with ProbMapProducer attached. It raises at monai/handlers/probability_maps.py: 
    self.prob_map[name][tuple(loc)] = prob

Expected behavior

ProbMapKeys.LOCATION should be an integer array, consistent with MaskedPatchWSIDataset, and ProbMapProducer should index the probability map without error.

Screenshots

N/A — traceback included above.

Environment

MONAI version: 1.6.1
Numpy version: 2.5.3
Pytorch version: 2.14.0+cpu
MONAI flags: HAS_EXT=False, USE_COMPILED=False, USE_META_DICT=False
MONAI rev id: 7af492176792f9069b8f1253d099abd05c5e769d

System: Linux
Linux version: Ubuntu 24.04 LTS
Platform: Linux-6.8.0-31-generic-x86_64-with-glibc2.39
Python version: 3.12.3

Minimal venv for reproducing against a released wheel, so optional dependencies report NOT INSTALLED.

Ngôn ngữ chính
Python
Star
8.8k
Fork
1.6k
Merge trung bình
2 ngày 19 giờ
Pull request đã merge (30 ngày)
12

Chuẩn bị môi trường

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của Project-MONAI/MONAI

Tất cả issue của Project-MONAI/MONAI

Issue tương tự

Thêm issue về Python

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.