Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

TOPPAS to CWL Converter

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#7,710 4 bình luận 2 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
5/5
Thời gian dự kiến
Hơn một tuần
Mức phù hợp với người mới
38/100
Loại issue
Tính năng
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Ít trao đổi
Công nghệ
cpp
Lĩnh vực
bioinformatics

Hướng nghiên cứu

Start with the example at share/OpenMS/examples/TOPPAS/Ecoli_Identification.toppas and inspect the cwl-cpp-auto tool linked in the issue. Run -write_cwl on the relevant tools and use the shown CWL workflow as the format reference. Done means the TOPPAS workflows have been converted to corresponding CWL workflows.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

Using https://github.com/common-workflow-lab/cwl-cpp-auto/ + running -write_cwl on the relevant tools , convert the TOPPAS workflows to CWL workflows

Example using https://github.com/OpenMS/OpenMS/blob/develop/share/OpenMS/examples/TOPPAS/Ecoli_Identification.toppas

(default values have not been repeated)

cwlVersion: v1.2
class: Workflow

inputs:
  mzml:
    type: File
    format: edam:format_3244  # mzML
    default:
      class: File
      path: ../../../share/OpenMS/examples/ID/Ecoli_MS2_small.mzML
      format: edam:format_3244
  proteomes:
    type: File
    format: edam:format_1929  # FASTA
    default:
      class: File
      path: ../../../share/OpenMS/examples/TOPPAS/data/Identification/target_decoy_Ecoli_K12_TaxID_83333.proteomes.fasta
      format: edam:format_1929
  comet_executable:
    type: File
    default:
      class: File
      path: /usr/bin/comet-ms

steps:
  step_2:
    run: CometAdapter.cwl
    in:
      in: mzml
      out:
        valueFrom: $(inputs.in.nameroot).idXML
      database: proteomes
      comet_executable: comet_executable
      fragment_mass_tolerance:
        default: 0.02
      no_progress:
        default: true
    out: [ out ]
  step_3:
    run: FalseDiscoveryRate.cwl
    in:
      in: step_2/out
      out:
        valueFrom: $(inputs.in.nameroot).idXML
      peptide:
        default: true
      protein:
        default: false
      log:
        default: "TOPP.log"
      no_progress:
        default: true
    out: [ out ]
  step_4:
    run: IDFilter.cwl
    in:
      in: step_3/out
      out:
        valueFrom: $(inputs.in.nameroot).idXML
      remove_decoys:
        default: true
      log:
        default: "TOPP.log"
    out: [ out ]
  step_5:
    run: FileInfo.cwl
    in:
      in: step_4/out
      log:
        default: "TOPP.log"
    out: [ out ]

outputs:
  out:
    type: File
    outputSource: step_4/out

requirements:
  StepInputExpressionRequirement: {}

$namespaces:
  edam: http://edamontology.org/
Ngôn ngữ chính
C++
Star
623
Fork
441
Merge trung bình
23 giờ 47 phút
Pull request đã merge (30 ngày)
289

Chuẩn bị môi trường

Mở trong Codespaces

Khởi chạy dev container của dự án ngay trên trình duyệt, bằng tài khoản GitHub của bạn.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của OpenMS/OpenMS

Tất cả issue của OpenMS/OpenMS

Issue tương tự

Thêm issue về C++

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.