Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

Add `ae_listing_placebo` to control placebo-subject drill-down in AE forest plots

Đã đóng
  • Có gì không ổn?
#174 0 bình luận 0 reaction 1 người được giao Xem trên GitHub

Maintainer thường phản hồi trong vòng 2 ngày

@LittleBeannie đang làm issue này rồi.

Từ ngày 7/10/2026.

  • #175 của @LittleBeannie — đã đóng, không merge

Đánh giá

Issue này chưa được đánh giá.

Mô tả

Summary

Add a logical argument, ae_listing_placebo, to prepare_ae_forestly() so users can choose whether placebo subjects are included in the subject-level AE listings accessed through the interactive forest plot.

Current behavior

The interactive AE forest plot provides drill-down to subject-level AE listings. These listings currently include subjects from all treatment groups, including placebo.

Users cannot exclude placebo subjects from the drill-down listings while retaining them in the forest plot and statistical comparisons.

Proposed enhancement

Introduce:

ae_listing_placebo = TRUE

Expected behavior:

Value AE listing behavior
TRUE Include subjects from all treatment groups, including placebo. Preserve current behavior.
FALSE Include only non-placebo subjects in AE drill-down listings. Do not provide drill-down listings for placebo subjects.

For the example where the treatment variable is TRTA and the placebo label is "Placebo", setting ae_listing_placebo = FALSE should restrict the listing records to TRTA != "Placebo".

Example usage

The existing example orders the treatment groups as "Low Dose" followed by "Placebo", so the placebo reference group is group 2.

meta |>
  prepare_ae_forestly(
    reference_group = 2,
    ae_listing_display = c("USUBJID", "SITEID", "SEX", "RACE", "AGE"),
    ae_listing_placebo = FALSE
  ) |>
  format_ae_forestly() |>
  ae_forestly()

To retain listings for all treatment groups:

meta |>
  prepare_ae_forestly(
    reference_group = 2,
    ae_listing_display = c("USUBJID", "SITEID", "SEX", "RACE", "AGE"),
    ae_listing_placebo = TRUE
  ) |>
  format_ae_forestly() |>
  ae_forestly()

Acceptance criteria

  • Default to TRUE for backward compatibility.
  • When FALSE, exclude placebo-subject records from the drill-down listing data, not merely hide them visually.
  • Keep drill-down available for non-placebo subjects.
  • Leave population denominators, AE counts, incidence estimates, treatment comparisons, confidence intervals, and forest plot results unchanged.
  • Handle AE terms with no eligible non-placebo listing records gracefully, without displaying placebo records.
  • Validate that the argument is a single non-missing logical value.
  • Document how the placebo group is identified. Avoid relying solely on the literal label "Placebo" because treatment labels may be customized. If reference_group is used, clarify the behavior when the reference group is not placebo.

Motivation

This option would let users focus subject-level AE review on non-placebo groups while preserving placebo data in the overall safety analysis and treatment comparisons.

Ngôn ngữ chính
R
Star
22
Fork
6
Merge trung bình
2 ngày 16 giờ
Pull request đã merge (30 ngày)
16

Chuẩn bị môi trường

Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của Merck/forestly

Tất cả issue của Merck/forestly

Issue tương tự

Thêm issue về R

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.