Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

kingdom: Plantae, genus: Plantae

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#15 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
3/5
Thời gian dự kiến
1-2 ngày
Mức phù hợp với người mới
45/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
python
Lĩnh vực
data

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu với src/taxonopy/resolution/strategy/profiles/exact_match_primary_source_accepted_author_disambiguation.py, tập trung vào bước 5 bị nghi ngờ, và tái hiện trường hợp Plantae bằng đầu vào được cung cấp cùng các kết quả của GNVerifier. Hoàn tất khi profile này không còn chấp nhận sai việc phân giải mơ hồ kingdom/genus là một kết quả khớp chính xác của quá trình phân biệt tác giả.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

bug edge case

In exploring TOL-200M, it was noticed that there are 223,284 entries that have a resolution path of:

kingdom: Plantae
phylum: null
class: null
order: null
family: null
genus: Plantae
species: null

Example entry resolution:

{'uuid': 'e571a2d3-07f3-45fe-b372-67c0594de0c8',
 'scientific_name': 'Plantae',
 'common_name': 'plants; plants',
 'source_dataset': 'gbif',
 'source_id': '1038946915',
 'resolution_status': 'EXACT_MATCH_PRIMARY_SOURCE_ACCEPTED_AUTHOR_DISAMBIGUATION',
 'kingdom': 'Plantae',
 'phylum': '',
 'class': '',
 'order': '',
 'family': '',
 'genus': 'Plantae',
 'species': '',
 'resolution_path': 'RESOLVED',
 'resolution_strategy': 'ExactMatchPrimarySourceAcceptedAuthorDisambiguation',
 'final_query_term': 'Plantae',
 'final_query_rank': 'scientific_name',
 'final_data_source_id': 11,
 'meta_selected_record_id': None,
 'meta_candidate_count': None,
 'meta_accepted_record_id': None,
 'meta_matched_result_id': '11387779',
 'meta_matched_full_name': 'Plantae',
 'meta_author_disambiguation': 'true',
 'resolution_failure_reason': None,
 'meta_original_status': None,
 'meta_force_failed_to_input': None,
 'meta_original_attempt_key': None,
 'source_file': 'part-00000-3990aff1-4728-49f9-bd76-087ff566f4fc-c000.snappy.resolved.parquet',
 'meta_matched_current_name': None,
 'meta_synonym_matched': None,
 'meta_accepted_name': None,
 'meta_disambiguated_record_id': None}

Corresponding Input:

>>> row_dict
{'source_id': '1038946915', 'uuid': 'e571a2d3-07f3-45fe-b372-67c0594de0c8', 'scientific_name': 'Plantae', 'phylum': None, 'class': None, 'order': None, 'family': None, 'genus': None, 'species': None, 'kingdom': 'Plantae', 'common_name': 'plants; plants'}

(in source_taxa/source=gbif/part-00000-3990aff1-4728-49f9-bd76-087ff566f4fc-c000.snappy.parquet)

GNVerifier query result for "Plantae"

$ docker run --rm -i gnames/gnverifier:v1.2.5 -j 1 --format compact --capitalize --all_matches --sources 11 "Plantae" | jq
{
  "id": "827f5f3d-f332-5d4e-9ec9-6dbf1b07bdd9",
  "name": "Plantae",
  "cardinality": 1,
  "matchType": "Exact",
  "results": [
    {
      "dataSourceId": 11,
      "dataSourceTitleShort": "GBIF Backbone Taxonomy",
      "curation": "AutoCurated",
      "recordId": "11387779",
      "outlink": "https://gbif.org/species/11387779",
      "entryDate": "2024-01-11",
      "sortScore": 9.410739851747246,
      "matchedNameID": "827f5f3d-f332-5d4e-9ec9-6dbf1b07bdd9",
      "matchedName": "Plantae",
      "matchedCardinality": 1,
      "matchedCanonicalSimple": "Plantae",
      "matchedCanonicalFull": "Plantae",
      "currentRecordId": "11387779",
      "currentNameId": "827f5f3d-f332-5d4e-9ec9-6dbf1b07bdd9",
      "currentName": "Plantae",
      "currentCardinality": 1,
      "currentCanonicalSimple": "Plantae",
      "currentCanonicalFull": "Plantae",
      "taxonomicStatus": "Accepted",
      "isSynonym": false,
      "classificationPath": "Plantae|Plantae",
      "classificationRanks": "kingdom|genus",
      "classificationIds": "6|11387779",
      "editDistance": 0,
      "stemEditDistance": 0,
      "matchType": "Exact",
      "scoreDetails": {
        "cardinalityScore": 1,
        "infraSpecificRankScore": 0,
        "fuzzyLessScore": 1,
        "curatedDataScore": 0.33333334,
        "authorMatchScore": 0.14285715,
        "acceptedNameScore": 1,
        "parsingQualityScore": 1
      }
    },
    {
      "dataSourceId": 11,
      "dataSourceTitleShort": "GBIF Backbone Taxonomy",
      "curation": "AutoCurated",
      "recordId": "6",
      "outlink": "https://gbif.org/species/6",
      "entryDate": "2024-01-11",
      "sortScore": 9.410739851747246,
      "matchedNameID": "827f5f3d-f332-5d4e-9ec9-6dbf1b07bdd9",
      "matchedName": "Plantae",
      "matchedCardinality": 1,
      "matchedCanonicalSimple": "Plantae",
      "matchedCanonicalFull": "Plantae",
      "currentRecordId": "6",
      "currentNameId": "827f5f3d-f332-5d4e-9ec9-6dbf1b07bdd9",
      "currentName": "Plantae",
      "currentCardinality": 1,
      "currentCanonicalSimple": "Plantae",
      "currentCanonicalFull": "Plantae",
      "taxonomicStatus": "Accepted",
      "isSynonym": false,
      "classificationPath": "Plantae",
      "classificationRanks": "kingdom",
      "classificationIds": "6",
      "editDistance": 0,
      "stemEditDistance": 0,
      "matchType": "Exact",
      "scoreDetails": {
        "cardinalityScore": 1,
        "infraSpecificRankScore": 0,
        "fuzzyLessScore": 1,
        "curatedDataScore": 0.33333334,
        "authorMatchScore": 0.14285715,
        "acceptedNameScore": 1,
        "parsingQualityScore": 1
      }
    }
  ],
  "curation": "AutoCurated"
}

The exact_match_primary_source_accepted_author_disambiguation.py profile incorrectly matches this case (suspect: step 5 not specific enough).

Ngôn ngữ chính
Python
Star
20
Fork
0
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Chuẩn bị môi trường

Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của Imageomics/TaxonoPy

Tất cả issue của Imageomics/TaxonoPy

Issue tương tự

Thêm issue về Python

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.