Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

ProSeg output cannot be opened by spatialdataR

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#208 1 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức phù hợp với người mới
45/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Ít trao đổi
Công nghệ
r
Lĩnh vực
data

Hướng nghiên cứu

Start with R/read.R at the reported locations (lines 97–109 and 147–151) and reproduce the failures on the ProSeg output. Investigate why the shapes parquet geometry column is rejected and why table conversion receives NULL. Done means the reported shapes and tables can be read successfully.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

Related to https://github.com/scverse/spatialdata/issues/1137.

  • we can read:
    • images
    • points
  • we cannot read:
    • shapes 
      Error in `ddbs_open_dataset()` at [SpatialData/R/read.R:97:5](vscode-file://vscode-app/usr/share/positron/resources/app/out/vs/code/electron-browser/workbench/workbench.html#):
! Failed to open dataset at
  [./spatialdata.zarr/shapes/cell_boundaries/shapes.parquet](vscode-file://vscode-app/usr/share/positron/resources/app/out/vs/code/electron-browser/workbench/workbench.html#)
✖ Invalid Input Error: Geoparquet column 'geometry' does not have geometry types

LINE 2: SELECT * FROM read_parquet('./spatialdata.zarr/shapes/cell_boundaries...  ^ ℹ
  Context: rapi_prepare ℹ Error type: INVALID_INPUT
    • tables (during the SingleCellExperiment conversion step) 
      Error in `purrr::map()`:
ℹ In index: 1.
Caused by error in `array()`:
! 'data' must be of a vector type, was 'NULL'
Hide Traceback
Fix
Explain
     ▆
  1. ├─SpatialData::readSpatialData("./spatialdata.zarr", shapes = F)
  2. │ └─base::lapply(ls, .readLayer) at [SpatialData/R/read.R:151:5](vscode-file://vscode-app/usr/share/positron/resources/app/out/vs/code/electron-browser/workbench/workbench.html#)
  3. │   └─SpatialData (local) FUN(X[[i]], ...)
  4. │     └─base::lapply(j, function(.) do.call(f, list(.))) at [SpatialData/R/read.R:147:9](vscode-file://vscode-app/usr/share/positron/resources/app/out/vs/code/electron-browser/workbench/workbench.html#)
  5. │       └─SpatialData (local) FUN(X[[i]], ...)
  6. │         ├─base::do.call(f, list(.)) at [SpatialData/R/read.R:147:9](vscode-file://vscode-app/usr/share/positron/resources/app/out/vs/code/electron-browser/workbench/workbench.html#)
  7. │         └─SpatialData (local) `<fn>`("./spatialdata.zarr/tables/table")
  8. │           ├─base::suppressWarnings(...) at [SpatialData/R/read.R:108:5](vscode-file://vscode-app/usr/share/positron/resources/app/out/vs/code/electron-browser/workbench/workbench.html#)
  9. │           │ └─base::withCallingHandlers(...)
 10. │           └─anndataR::read_zarr(x, as = "SingleCellExperiment") at [SpatialData/R/read.R:109:7](vscode-file://vscode-app/usr/share/positron/resources/app/out/vs/code/electron-browser/workbench/workbench.html#)
 11. │             └─zarr_adata$as_SingleCellExperiment(...)
Ngôn ngữ chính
R
Star
37
Fork
10
Merge trung bình
22 giờ 46 phút
Pull request đã merge (30 ngày)
20

Chuẩn bị môi trường

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của HelenaLC/spatialdataR

Tất cả issue của HelenaLC/spatialdataR

Issue tương tự

Thêm issue về R

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.