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ProSeg output cannot be opened by spatialdataR

Aperta
  • Qualcosa non va?
#208 1 commento 0 reazioni 0 assegnatari Vedi su GitHub

I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

Nessuno ha ancora preso questa issue.

Valutazione

Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Idoneità per principianti
45/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Tranquilla
Stack tecnologico
r
Ambito
data

Direzione di ricerca

Start with R/read.R at the reported locations (lines 97–109 and 147–151) and reproduce the failures on the ProSeg output. Investigate why the shapes parquet geometry column is rejected and why table conversion receives NULL. Done means the reported shapes and tables can be read successfully.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

Related to https://github.com/scverse/spatialdata/issues/1137.

  • we can read:
    • images
    • points
  • we cannot read:
    • shapes 
      Error in `ddbs_open_dataset()` at [SpatialData/R/read.R:97:5](vscode-file://vscode-app/usr/share/positron/resources/app/out/vs/code/electron-browser/workbench/workbench.html#):
! Failed to open dataset at
  [./spatialdata.zarr/shapes/cell_boundaries/shapes.parquet](vscode-file://vscode-app/usr/share/positron/resources/app/out/vs/code/electron-browser/workbench/workbench.html#)
✖ Invalid Input Error: Geoparquet column 'geometry' does not have geometry types

LINE 2: SELECT * FROM read_parquet('./spatialdata.zarr/shapes/cell_boundaries...  ^ ℹ
  Context: rapi_prepare ℹ Error type: INVALID_INPUT
    • tables (during the SingleCellExperiment conversion step) 
      Error in `purrr::map()`:
ℹ In index: 1.
Caused by error in `array()`:
! 'data' must be of a vector type, was 'NULL'
Hide Traceback
Fix
Explain
     ▆
  1. ├─SpatialData::readSpatialData("./spatialdata.zarr", shapes = F)
  2. │ └─base::lapply(ls, .readLayer) at [SpatialData/R/read.R:151:5](vscode-file://vscode-app/usr/share/positron/resources/app/out/vs/code/electron-browser/workbench/workbench.html#)
  3. │   └─SpatialData (local) FUN(X[[i]], ...)
  4. │     └─base::lapply(j, function(.) do.call(f, list(.))) at [SpatialData/R/read.R:147:9](vscode-file://vscode-app/usr/share/positron/resources/app/out/vs/code/electron-browser/workbench/workbench.html#)
  5. │       └─SpatialData (local) FUN(X[[i]], ...)
  6. │         ├─base::do.call(f, list(.)) at [SpatialData/R/read.R:147:9](vscode-file://vscode-app/usr/share/positron/resources/app/out/vs/code/electron-browser/workbench/workbench.html#)
  7. │         └─SpatialData (local) `<fn>`("./spatialdata.zarr/tables/table")
  8. │           ├─base::suppressWarnings(...) at [SpatialData/R/read.R:108:5](vscode-file://vscode-app/usr/share/positron/resources/app/out/vs/code/electron-browser/workbench/workbench.html#)
  9. │           │ └─base::withCallingHandlers(...)
 10. │           └─anndataR::read_zarr(x, as = "SingleCellExperiment") at [SpatialData/R/read.R:109:7](vscode-file://vscode-app/usr/share/positron/resources/app/out/vs/code/electron-browser/workbench/workbench.html#)
 11. │             └─zarr_adata$as_SingleCellExperiment(...)
Lingua principale
R
Stelle
37
Fork
10
Merge medio
22h 46m
PR unite (30g)
20

Preparare l'ambiente

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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