Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

Cannot convert float NaN to integer

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#10 1 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức phù hợp với người mới
38/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Cần làm rõ
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
python
Lĩnh vực
data

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu với python-icebreaker/src/icebreaker/cli/ib_group.py và vị trí traceback trong icebreaker/ice_groups.py, sử dụng các tệp STAR đính kèm để tái hiện lỗi. So sánh các đầu vào grouped_micrographs.star và selected particles.star, đồng thời truy vết giá trị nào trở thành NaN trước khi chuyển đổi sang số nguyên. Hoàn tất khi đã hiểu nguyên nhân từ đầu vào và job báo cáo hoặc xử lý nguyên nhân đó mà không có traceback này.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

Hi I run the test jobs to "flatten" and to "group" micrographs through relion. These jobs completed successfully. Now, I selected my particles in relion and I am trying to assign ice thickness coeficient. I use the ib_group.py, input mics from grouped_micrographs.star and selected particles.star without any parameter settings and single-threaded.

The job throws this error:

Traceback (most recent call last):
File "python-icebreaker-master/src/icebreaker/cli/ib_group.py", line 79, in
main()
File "python-icebreaker-master/src/icebreaker/cli/ib_group.py", line 70, in main
run_job(project_dir, job_dir, other_args)
File "python-icebreaker-master/src/icebreaker/cli/ib_group.py", line 34, in run_job
ib_igroups.main

File "/home/exx/Application/anaconda3/lib/python3.8/site-packages/icebreaker_em-0.3.5-py3.8.egg/icebreaker/ice_groups.py", line 65, in main
ice_groups.append(int(micro_now[y1][x1] * 10000))
ValueError: cannot convert float NaN to integer

What could be the reason? I tried converting group_micrographs.star file using relion_convert_star to match the format of the native particle.star. Files I used by default are attached.

Could you please take a lot, as I would really like to test the capacity of the IceBreaker.

Thank you
icebreaker_ptcl-proc-inputs.zip

Ngôn ngữ chính
Python
Star
11
Fork
7
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Chuẩn bị môi trường

Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của DiamondLightSource/python-icebreaker

Tất cả issue của DiamondLightSource/python-icebreaker

Issue tương tự

Thêm issue về Python

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.