Cannot convert float NaN to integer
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Evaluación
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Aptitud para principiantes
- 38/100
Línea de trabajo
Comienza con python-icebreaker/src/icebreaker/cli/ib_group.py y la ubicación del traceback en icebreaker/ice_groups.py, usando los archivos STAR adjuntos para reproducir el fallo. Compara las entradas grouped_micrographs.star y selected particles.star y rastrea qué valor se convierte en NaN antes de la conversión a entero. Se considera terminado cuando se entiende la causa en la entrada y el trabajo informa de ella o la gestiona sin este traceback.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Hi I run the test jobs to "flatten" and to "group" micrographs through relion. These jobs completed successfully. Now, I selected my particles in relion and I am trying to assign ice thickness coeficient. I use the ib_group.py, input mics from grouped_micrographs.star and selected particles.star without any parameter settings and single-threaded.
The job throws this error:
Traceback (most recent call last):
File "python-icebreaker-master/src/icebreaker/cli/ib_group.py", line 79, in
main()
File "python-icebreaker-master/src/icebreaker/cli/ib_group.py", line 70, in main
run_job(project_dir, job_dir, other_args)
File "python-icebreaker-master/src/icebreaker/cli/ib_group.py", line 34, in run_job
ib_igroups.main
File "/home/exx/Application/anaconda3/lib/python3.8/site-packages/icebreaker_em-0.3.5-py3.8.egg/icebreaker/ice_groups.py", line 65, in main
ice_groups.append(int(micro_now[y1][x1] * 10000))
ValueError: cannot convert float NaN to integer
What could be the reason? I tried converting group_micrographs.star file using relion_convert_star to match the format of the native particle.star. Files I used by default are attached.
Could you please take a lot, as I would really like to test the capacity of the IceBreaker.
Thank you
icebreaker_ptcl-proc-inputs.zip
- Lenguaje dominante
- Python
- Estrellas
- 11
- Forks
- 7
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Preparar el entorno
Este proyecto no incluye contenedor de desarrollo, Dockerfile ni guía de contribución, así que la configuración corre por tu cuenta: empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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