Code hygiene: imports, deprecated ggplot2/scales APIs, loops, progress bars, roxygen

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#211 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
3/5
Thời gian dự kiến
1-2 ngày
Mức phù hợp với người mới
40/100
Loại issue
Tái cấu trúc
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Sôi nổi
Công nghệ
r
Lĩnh vực
tooling

Hướng nghiên cứu

Start with the individual sites listed in R/psa.R, R/add_common_aes.R, R/owsa.R, and R/run_dsa.R, and check each against the ggplot2/scales/dplyr changes it describes. Begin with the simplest fix, adding @importFrom stats cor in R/psa.R and confirming the NAMESPACE update. Done means devtools::check() shows no new NOTEs and the tests pass with options(lifecycle_verbosity = "error") without deprecation warnings. Coordinate with #213 for the ggplot2 version bump before changing the trans arguments.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

bug good first issue

Suggested owner: Jorge Roa (or a newer contributor) · Plan: Phase 2b

Goal

Remove the deprecation warnings and latent errors that will break on future ggplot2 or R versions, and that JOSS and CRAN reviewers notice.

Scope

  • cor() is used but not imported (R/psa.R:215, R/psa.R:306). Add @importFrom stats cor. The NAMESPACE imports other stats functions but not cor.
  • trans =, soft-deprecated since ggplot2 3.5 (R/add_common_aes.R:208, R/add_common_aes.R:221): switch to transform =. This needs ggplot2 (>= 3.5.0) in DESCRIPTION; see #213.
  • scales::trans_new() is superseded (R/owsa.R:300-302, offset_trans): use scales::new_transform().
  • .groups = "drop_last" passed to group_by(), where it creates a dummy column (R/owsa.R:353, R/owsa.R:356, R/owsa.R:361). It belongs in summarize().
  • Loops of the form for (i in 1:n) that misbehave when n == 0: use seq_len() / seq_along(). The calculate_icers site is handled by #178.
    • R/ceac.R:79, R/ceac.R:289
    • R/create_sa.R:76
    • R/evpi.R:45, R/evppi.R:93, R/evsi.R:173
    • R/gen_psa_samp.R:147, R/gen_psa_samp.R:230, R/gen_psa_samp.R:358 (the last is 1:(n.params - 1))
    • R/icers.R:95
    • R/run_dsa.R:108, R/run_dsa.R:135, R/run_dsa.R:155, R/run_dsa.R:305, R/run_dsa.R:318
    • R/run_psa.R:106, R/run_psa.R:118
  • Progress bars are never closed (R/run_dsa.R:119, R/run_dsa.R:289): add on.exit(close(pb)).
  • rdirichlet() roxygen tags are indented and therefore ignored (R/gen_psa_samp.R:273-275, #' @importFrom / #' @return / #' @export). Reproduced: dampack::rdirichlet is "not an exported object". Decide whether to export it or mark it @keywords internal, then fix the indentation.

Acceptance

  • devtools::check() shows no new NOTEs.
  • Running the tests with options(lifecycle_verbosity = "error") raises no ggplot2/scales deprecation warnings.
  • seq_len() changes are covered by existing tests, plus at least one 0-length test where reachable.
Ngôn ngữ chính
R
Star
43
Fork
14
Merge trung bình
4 giờ 44 phút
Pull request đã merge (30 ngày)
15

Chuẩn bị môi trường

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của DARTH-git/dampack

Tất cả issue của DARTH-git/dampack

Issue tương tự

Thêm issue về R

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.