Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

Support for RleListMatrix (?)

Đang mở
#62 1 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
5/5
Thời gian dự kiến
Hơn một tuần
Mức phù hợp với người mới
25/100
Loại issue
Tính năng
Độ rõ ràng
Cần làm rõ
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
r
Lĩnh vực
data

Hướng nghiên cứu

Trước tiên, hãy xem xét issue liên quan #27 và ví dụ DelayedArray/VariantAnnotation. Điều tra xem RleListMatrix có cung cấp khả năng nén hữu ích cho các ma trận gồm các danh sách hay không, sau đó xác lập các tiêu chí hỗ trợ và xác thực cần thiết. Để được xem là hoàn thành, cần có phạm vi triển khai đã được thống nhất và bằng chứng cho thấy biểu diễn này mang lại lợi ích.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

Related to #27, though I note that the following now works

library(DelayedArray)
DelayedArray(
  matrix(
    IntegerList(
      c(list(c(1L, 1L)), list(c(1L,1L)), list(c(1L,1L)), list(c(2L,2L)))
    ), 
    nrow = 2, ncol = 2)
)
#> <2 x 2> matrix of class DelayedMatrix and type "list":
#>      [,1] [,2]
#> [1,] 1, 1 1, 1
#> [2,] 1, 1 2, 2

Created on 2020-02-28 by the reprex package (v0.3.0)

Is there a motivation to support RleListMatrix? For the same use case as above, I'm using VariantAnnotation to build a CompressedVcf object and it has matrices of lists. The list elements are in many cases NA so it may be efficient to be able to store these as an Rle-derived object. I can't go as far as to verify that such a structure would benefit from Rle - would the elements be sufficiently contiguous?

My workaround at the moment is to collapse the list elements into single delimited strings, in which case DelayedArray or RleMatrix work out of the box. In this case the string concatenation results in the matrix object decreasing in size by a factor of ~8 (potentially due to global string pooling). Converting to RleMatrix reduces it again by an additional factor of ~16. Total compression from matrix of lists to character RleMatrix is 128x. If RleListMatrix was able provide a comparable benefit without converting to string then that could be very useful.

I'll link another issue to this one specific to VariantAnnotation, but I thought I'd check if this was a) possible; b) useful; and c) of interest.

Ping @lawremi who first proposed investigating support for this structure.

Ngôn ngữ chính
R
Star
29
Fork
12
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Hướng dẫn đóng góp

Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của Bioconductor/DelayedArray

Tất cả issue của Bioconductor/DelayedArray

Issue tương tự

Thêm issue về R

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.