Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

mean(), anyNA(), and members of "Summary" group generic should "untranspose"

Đang mở
#56 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
5/5
Thời gian dự kiến
Hơn một tuần
Mức phù hợp với người mới
32/100
Loại issue
Tính năng
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
r
Lĩnh vực
data, performance

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu bằng cách xác định các phần triển khai của mean(), anyNA() và generic của nhóm "Summary" cho các đối tượng DelayedArray, sau đó kiểm tra DelayedAperm và simplify(). Theo dõi nhánh gốc của các thao tác trì hoãn được mô tả trong issue và xác định cách có thể áp dụng một aperm() đảo ngược trước khi tính toán. Được xem là hoàn thành khi các thao tác này vẫn giữ nguyên kết quả đồng thời tránh phép chuyển vị trì hoãn không cần thiết khi simplification rút ngắn cây.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

Delayed transposition (t() or aperm()) significantly slows down block processing of a DelayedMatrix or DelayedArray object. However the result of block-processed operations like mean(), anyNA(), and members of the "Summary" group generic does not change if the input is transposed. So these operations should be smart enough to "untranspose" their input in order to be faster.

The exact algorithm for "untransposing" could be:

  • Go up the tree of delayed ops in x until a DelayedAperm op is found. Only climb the trunk of the tree i.e. start from x@seed and go up only if there is exactly 1 "next seed", that is, if the current seed is a DelayedUnaryOp object. Stop on the first DelayedAperm op (i.e. the most recently applied DelayedAperm op), or when the next seed is no longer a DelayedUnaryOp object.
  • If no DelayedAperm op was found then there is nothing to do.
  • If a DelayedAperm op is found, do y <- aperm(x, ....) where the exact aperm() transformation is the reverse of this DelayedAperm op. The tree trunk in y should be either shorter than the tree trunk in x (if the 2 DelayedAperm ops could be simplified) or longer (if they couldn't). If it's shorter then replace x with y before computing mean(), anyNA(), etc...

The advantage of this algo is that it doesn't need to know anything about the delayed ops found between the root of the tree and the first DelayedAperm op found on the trunk. It just relies on simplify().

Ngôn ngữ chính
R
Star
29
Fork
12
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Hướng dẫn đóng góp

Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của Bioconductor/DelayedArray

Tất cả issue của Bioconductor/DelayedArray

Issue tương tự

Thêm issue về R

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.