Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

AnnotationHub does not display when package is not installed

Đang mở
#71 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
3/5
Thời gian dự kiến
1-2 ngày
Mức phù hợp với người mới
55/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Ít trao đổi
Công nghệ
r
Lĩnh vực
databases

Hướng nghiên cứu

Tái hiện lỗi thông qua AnnotationHub() và ah[["AH116730"]] khi chưa cài đặt package CENTREannotation, sau đó so sánh với hành vi đang hoạt động của ExperimentHub. Truy vết đường dẫn tải tài nguyên và khả năng sẵn có của package/class; hoàn tất khi package bị thiếu được chỉ rõ cho người dùng và trường hợp đã cài đặt package vẫn tiếp tục hoạt động.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

In ExperimentHub we get the following if the source of the resource package is not installed

GSE62944 not installed.
  Full functionality, documentation, and loading of data might not be possible without installing
Install GSE62944 [yes/no] no

To indicate sometime a package is needed to load or read a resource.
We do not appear to have this implemented in AnnotationHub

> ah = AnnotationHub()
snapshotDate(): 2026-07-30
> CENTREannotgeneDb <- ah[["AH116730"]]
loading from cache
Error loading resource.
 attempting to re-download
downloading 1 resources
retrieving 1 resource

loading from cache
Error: failed to load resource
  name: AH116730
  title: GENCODE basic gene annotation v40
  reason: this db is of type CENTREannotDb but this is not a defined class
In addition: Warning message:
call dbDisconnect() when finished working with a connection

But it does work correctly if the package is installed...

> library("CENTREannotation")
> ah= AnnotationHub()
snapshotDate(): 2026-07-30
> CENTREannotgeneDb <- ah[["AH116730"]]
downloading 1 resources
retrieving 1 resource

loading from cache
Ngôn ngữ chính
R
Star
20
Fork
16
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Hướng dẫn đóng góp

Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của Bioconductor/AnnotationHub

Tất cả issue của Bioconductor/AnnotationHub

Issue tương tự

Thêm issue về R

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.