"reason: this db is of type Inparanoid8Db but this is not a defined class"

Đang mở

#35 mở ngày 13/10/2022 12 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó: 4/5
Thời gian dự kiến: 3-5 ngày
Mức phù hợp với người mới: 25/100

Loại issue: Lỗi
Độ rõ ràng: Cần làm rõ
Mức độ hoạt động: Đình trệ
Công nghệ: r
Lĩnh vực: databases

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu bằng cách tái hiện việc truy xuất cơ sở dữ liệu AH10587 từ AnnotationHub cho Streptomyces coelicolor và kiểm tra cách kiểu Inparanoid8Db được phân giải. Hoàn tất khi có thể truy xuất cơ sở dữ liệu Inparanoid được provider nhận diện mà không gặp lỗi lớp chưa được định nghĩa.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

Hi,
I need to retrieve database AH10587 from hub which belongs to Streptomyces coelicolor, but it shows "reason: this db is of type Inparanoid8Db but this is not a defined class". Although data provider function recognize Inparanoid as class. Please suggest.
Thanks

Ngôn ngữ chính: R
Star: 20
Fork: 16
Chỉ số merge pull request: Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Hướng dẫn đóng góp

Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này

Bắt đầu từ đâu

Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của Bioconductor/AnnotationHub

AnnotationHub does not display when package is not installed Đang mở

Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 55/100

Bioconductor/AnnotationHub#71 · Mở ngày 3/8/2026
HTTP 403 Forbidden when trying to download available record Đang mở

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100

Bioconductor/AnnotationHub#68 · 1 bình luận · Mở ngày 17/6/2026
Cannot connect to AnnotationHub server, using 'localHub=TRUE' instead Đang mở

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 25/100

Bioconductor/AnnotationHub#67 · 1 bình luận · Mở ngày 14/3/2026
statistics for hub requests via central db or redirect Đang mở

Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 15/100

Bioconductor/AnnotationHub#66 · Mở ngày 9/1/2026
localHub=TRUE does not keep appropriate snapshot date Đang mở

Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100

Bioconductor/AnnotationHub#65 · 1 bình luận · Mở ngày 19/11/2025

Tất cả issue của Bioconductor/AnnotationHub

Issue tương tự

print.check_outliers() mislabels thresholds when method is a combination given in non-canonical order Đang mở

Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 75/100

easystats/performance#950 · Mở ngày 23/9/2026
Adjust the cohort counts dissemination - only include cohorts in the manifest Đang mở

Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 70/100

OHDSI/Picard#129 · Mở ngày 23/9/2026
Unable to use 'start_time' 'end_time' params for get_airnow_monitors() Đang mở

Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 75/100

briandconnelly/airnow#9 · Mở ngày 23/9/2026
Copy cohorts to keep old cohorts Đang mở

Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 75/100

OHDSI/CohortConstructor#774 · Mở ngày 23/9/2026
[PRE REVIEW]: fastml: An R package for leakage-aware machine learning workflows with fold-local preprocessing Đang mở

pre-review R TeX Track: 5 (DSAIS)

Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 60/100

openjournals/joss-reviews#11330 · 7 bình luận · Mở ngày 23/9/2026

Thêm issue về R