scverse/mantispy

Ver no GitHub

Analysis framework for morphological profiling data

Estrelas: 8
Forks: 0
Issues abertas para iniciantes: 4
Issues indexadas: 51
Merge médio: 10h 48min
PRs com merge (30d): 37

Linguagem predominante: Python
Licença: BSD-3-Clause
Último push no GitHub: 19/9/2026
Última indexação: 19/9/2026
Guia de contribuição: Guia de contribuição
Código de conduta: Código de conduta
Labels para iniciantes: Nenhum label para iniciantes indexado

Para iniciantes Tudo

Abertas Todas

44 issues abertas indexadas

get_matrix reads a whole backed matrix by fancy index, and copies it again to restore an order it never lost Aberta

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 84/100

scverse/mantispy#114 · Aberta em 21/9/2026
reduce_grouped's backed path rescans the group codes for every group Aberta

Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 88/100

scverse/mantispy#113 · Aberta em 21/9/2026
The resolution advisory is silent on an unstamped object, where it is most needed Aberta

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 62/100

scverse/mantispy#111 · Aberta em 21/9/2026
No way to name a learned embedding's axes from a named feature block on the same wells Aberta

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 68/100

scverse/mantispy#110 · Aberta em 21/9/2026
noise_removal's stdev_cutoff cannot be used with the normalization the package recommends Aberta

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 45/100

scverse/mantispy#109 · Aberta em 21/9/2026
tl.consensus and tl.aggregate drop obsm, so a corrected embedding cannot be reduced Aberta

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 68/100

scverse/mantispy#105 · Aberta em 20/9/2026
The schema requires CellProfiler var columns of every object, including those with no such features Aberta

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 48/100

scverse/mantispy#104 · Aberta em 20/9/2026
tl.feature_signature returns an object io.validate rejects Aberta

bug

Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 88/100

scverse/mantispy#103 · Aberta em 20/9/2026
Nothing in the repository regenerates registry.yaml Aberta

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 58/100

scverse/mantispy#96 · Aberta em 20/9/2026
The CI data cache has no size budget, and the 10 GB limit fails quietly Aberta

Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 88/100

scverse/mantispy#95 · Aberta em 20/9/2026
jump_target2 cannot be asked for a plate from particular sources Aberta

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 35/100

scverse/mantispy#94 · Aberta em 20/9/2026
Multi-plate profiles are read one file at a time Aberta

Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 78/100

scverse/mantispy#93 · Aberta em 20/9/2026
import mantispy parses the whole dataset registry, even when no dataset is loaded Aberta

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 72/100

scverse/mantispy#92 · Aberta em 20/9/2026
composition_dispersion is not a reserved uns name, and hit_calling's Raises is out of date Aberta

Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 84/100

scverse/mantispy#91 · Aberta em 20/9/2026
hitcall is not checked numerically against tcplfit2 Aberta

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 68/100

scverse/mantispy#90 · Aberta em 20/9/2026
cluster_composition's raw p-values stay anti-conservative after the dispersion correction Aberta

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 42/100

scverse/mantispy#89 · Aberta em 20/9/2026
The OASIS plate-map join duplicates _join_platemap and loses its validation Aberta

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 35/100

scverse/mantispy#86 · Aberta em 20/9/2026
Document each shipped dataset: derived columns, stats, and the scripts that rebuild it Aberta

documentation

Dificuldade 4/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 45/100

scverse/mantispy#74 · Aberta em 18/9/2026
Cell-resolution tests treat cells within a well as independent replicates Aberta

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 35/100

scverse/mantispy#68 · Aberta em 18/9/2026
Cross-fit the hit-calling covariance instead of splitting the controls in half Aberta

enhancement

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 30/100

scverse/mantispy#64 · Aberta em 18/9/2026
read_export cannot link objects that share a child instead of a parent Aberta

enhancement

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 64/100

scverse/mantispy#61 · Aberta em 18/9/2026
Add an iLISI and silhouette equivalence test against scib-metrics Aberta

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 72/100

scverse/mantispy#53 · Aberta em 17/9/2026
Migrate pp.harmony to scanpy's core harmony_integrate once 1.13 is stable Aberta

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 45/100

scverse/mantispy#52 · Aberta em 17/9/2026
Add cross-reference roles, admonitions and a standard page header Aberta

documentation

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 48/100

scverse/mantispy#48 · Aberta em 17/9/2026
Raise figure density in the tutorials Aberta

documentation

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 45/100

scverse/mantispy#47 · Aberta em 17/9/2026
Replace dict-literal result cells in the tutorials Aberta

documentation

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 65/100

scverse/mantispy#46 · Aberta em 17/9/2026
Split documentation into Tutorials, Examples and Pitfalls Aberta

documentation

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 30/100

scverse/mantispy#45 · Aberta em 17/9/2026
Tutorial index is a bare toctree; landing page is the README Aberta

documentation

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 45/100

scverse/mantispy#43 · Aberta em 17/9/2026
Tutorial prose refers to warnings the docs build strips Aberta

documentation

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 68/100

scverse/mantispy#42 · Aberta em 17/9/2026
Private symbols are imported in the published tutorials Aberta

enhancement

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 65/100

scverse/mantispy#38 · Aberta em 17/9/2026
Publish to PyPI and submit to scverse ecosystem-packages Aberta

enhancement

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 58/100

scverse/mantispy#36 · Aberta em 17/9/2026
Group modules in TOC Aberta

scverse/mantispy#27 · 1 responsável · Aberta em 14/9/2026
Use new annbatch/pertpy/etc doc style Aberta

scverse/mantispy#23 · 1 comentário · 1 responsável · Aberta em 14/9/2026
Add logo Aberta

scverse/mantispy#22 · 1 responsável · Aberta em 14/9/2026
Large Cell Painting Gallery accessions in mantispy.ds Aberta

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 52/100

scverse/mantispy#21 · Aberta em 14/9/2026
pycytominer equivalence suite Aberta

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 55/100

scverse/mantispy#19 · 1 comentário · Aberta em 14/9/2026
Evaluation metrics Aberta

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 45/100

scverse/mantispy#18 · 1 comentário · Aberta em 14/9/2026
Feature selection and outlier detection Aberta

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 35/100

scverse/mantispy#16 · Aberta em 14/9/2026
Sphering and batch correction Aberta

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 52/100

scverse/mantispy#17 · Aberta em 14/9/2026
Accessors Aberta

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 35/100

scverse/mantispy#14 · Aberta em 14/9/2026
Normalization Aberta

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 48/100

scverse/mantispy#12 · Aberta em 14/9/2026
Synthetic plate generator with injected artifacts Aberta

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 52/100

scverse/mantispy#9 · Aberta em 14/9/2026
CellProfiler feature-name parser and blocklist Aberta

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 74/100

scverse/mantispy#7 · Aberta em 14/9/2026
Schema, validation and parameter recording Aberta

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 48/100

scverse/mantispy#8 · Aberta em 14/9/2026

scverse/mantispy

Receba novas issues na sua caixa de entrada