scverse/mantispy

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Analysis framework for morphological profiling data

Estrellas: 8
Forks: 0
Issues abiertos para principiantes: 4
Issues indexados: 51
Merge medio: 10 h 48 min
PR fusionados (30 d): 37

Lenguaje dominante: Python
Licencia: BSD-3-Clause
Último push a GitHub: 19/9/2026
Última indexación: 19/9/2026
Guía de contribución: Guía de contribución
Código de conducta: Código de conducta
Etiquetas para principiantes: Sin etiquetas para principiantes indexadas

Para principiantes Todo

Abierto Todos

44 issues abiertos indexados

get_matrix reads a whole backed matrix by fancy index, and copies it again to restore an order it never lost Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 84/100

scverse/mantispy#114 · Abierto el 21/9/2026
reduce_grouped's backed path rescans the group codes for every group Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 88/100

scverse/mantispy#113 · Abierto el 21/9/2026
The resolution advisory is silent on an unstamped object, where it is most needed Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 62/100

scverse/mantispy#111 · Abierto el 21/9/2026
No way to name a learned embedding's axes from a named feature block on the same wells Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 68/100

scverse/mantispy#110 · Abierto el 21/9/2026
noise_removal's stdev_cutoff cannot be used with the normalization the package recommends Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 45/100

scverse/mantispy#109 · Abierto el 21/9/2026
tl.consensus and tl.aggregate drop obsm, so a corrected embedding cannot be reduced Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 68/100

scverse/mantispy#105 · Abierto el 20/9/2026
The schema requires CellProfiler var columns of every object, including those with no such features Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

scverse/mantispy#104 · Abierto el 20/9/2026
tl.feature_signature returns an object io.validate rejects Abierto

bug

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 88/100

scverse/mantispy#103 · Abierto el 20/9/2026
Nothing in the repository regenerates registry.yaml Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 58/100

scverse/mantispy#96 · Abierto el 20/9/2026
The CI data cache has no size budget, and the 10 GB limit fails quietly Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 88/100

scverse/mantispy#95 · Abierto el 20/9/2026
jump_target2 cannot be asked for a plate from particular sources Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

scverse/mantispy#94 · Abierto el 20/9/2026
Multi-plate profiles are read one file at a time Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 78/100

scverse/mantispy#93 · Abierto el 20/9/2026
import mantispy parses the whole dataset registry, even when no dataset is loaded Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 72/100

scverse/mantispy#92 · Abierto el 20/9/2026
composition_dispersion is not a reserved uns name, and hit_calling's Raises is out of date Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 84/100

scverse/mantispy#91 · Abierto el 20/9/2026
hitcall is not checked numerically against tcplfit2 Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 68/100

scverse/mantispy#90 · Abierto el 20/9/2026
cluster_composition's raw p-values stay anti-conservative after the dispersion correction Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 42/100

scverse/mantispy#89 · Abierto el 20/9/2026
The OASIS plate-map join duplicates _join_platemap and loses its validation Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

scverse/mantispy#86 · Abierto el 20/9/2026
Document each shipped dataset: derived columns, stats, and the scripts that rebuild it Abierto

documentation

Dificultad 4/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 45/100

scverse/mantispy#74 · Abierto el 18/9/2026
Cell-resolution tests treat cells within a well as independent replicates Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

scverse/mantispy#68 · Abierto el 18/9/2026
Cross-fit the hit-calling covariance instead of splitting the controls in half Abierto

enhancement

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 30/100

scverse/mantispy#64 · Abierto el 18/9/2026
read_export cannot link objects that share a child instead of a parent Abierto

enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 64/100

scverse/mantispy#61 · Abierto el 18/9/2026
Add an iLISI and silhouette equivalence test against scib-metrics Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 72/100

scverse/mantispy#53 · Abierto el 17/9/2026
Migrate pp.harmony to scanpy's core harmony_integrate once 1.13 is stable Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

scverse/mantispy#52 · Abierto el 17/9/2026
Add cross-reference roles, admonitions and a standard page header Abierto

documentation

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

scverse/mantispy#48 · Abierto el 17/9/2026
Raise figure density in the tutorials Abierto

documentation

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

scverse/mantispy#47 · Abierto el 17/9/2026
Replace dict-literal result cells in the tutorials Abierto

documentation

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 65/100

scverse/mantispy#46 · Abierto el 17/9/2026
Split documentation into Tutorials, Examples and Pitfalls Abierto

documentation

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 30/100

scverse/mantispy#45 · Abierto el 17/9/2026
Tutorial index is a bare toctree; landing page is the README Abierto

documentation

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

scverse/mantispy#43 · Abierto el 17/9/2026
Tutorial prose refers to warnings the docs build strips Abierto

documentation

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 68/100

scverse/mantispy#42 · Abierto el 17/9/2026
Private symbols are imported in the published tutorials Abierto

enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 65/100

scverse/mantispy#38 · Abierto el 17/9/2026
Publish to PyPI and submit to scverse ecosystem-packages Abierto

enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 58/100

scverse/mantispy#36 · Abierto el 17/9/2026
Group modules in TOC Abierto

scverse/mantispy#27 · 1 asignado · Abierto el 14/9/2026
Use new annbatch/pertpy/etc doc style Abierto

scverse/mantispy#23 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 14/9/2026
Add logo Abierto

scverse/mantispy#22 · 1 asignado · Abierto el 14/9/2026
Large Cell Painting Gallery accessions in mantispy.ds Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 52/100

scverse/mantispy#21 · Abierto el 14/9/2026
pycytominer equivalence suite Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 55/100

scverse/mantispy#19 · 1 comentario · Abierto el 14/9/2026
Evaluation metrics Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

scverse/mantispy#18 · 1 comentario · Abierto el 14/9/2026
Feature selection and outlier detection Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

scverse/mantispy#16 · Abierto el 14/9/2026
Sphering and batch correction Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 52/100

scverse/mantispy#17 · Abierto el 14/9/2026
Accessors Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

scverse/mantispy#14 · Abierto el 14/9/2026
Normalization Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

scverse/mantispy#12 · Abierto el 14/9/2026
Synthetic plate generator with injected artifacts Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 52/100

scverse/mantispy#9 · Abierto el 14/9/2026
CellProfiler feature-name parser and blocklist Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 74/100

scverse/mantispy#7 · Abierto el 14/9/2026
Schema, validation and parameter recording Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

scverse/mantispy#8 · Abierto el 14/9/2026

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