nf-core/captnseq

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CAPTn-seq is an extended Tn-seq pipeline that goes 1) from raw reads to gene essentiality then 2) to gene-gene interaction calls (from HTTM experiments).

nf-core/captnseq é bom para iniciantes?

Vimos poucos pull requests recentes de contribuidores externos em nf-core/captnseq para dizer com que frequência eles recebem merge. Agora há 1 issue para iniciantes aberta.

Estrelas
0
Forks
1
Issues abertas para iniciantes
1
Issues indexadas
17
Merge médio
10h 36min
PRs com merge (30d)
4
Linguagem predominante
Nextflow
Licença
MIT
Último push no GitHub
29/10/2026
Última indexação
15/10/2026
Guia de contribuição
Código de conduta
Labels para iniciantes
Nenhum label para iniciantes indexado

Como contribuir com nf-core/captnseq

  1. Leia primeiro o guia de contribuição: ele explica como os mantenedores querem que as mudanças sejam propostas, testadas e revisadas.
  2. O projeto tem um dev container: abra no Codespaces para ter um ambiente funcionando no navegador.
  3. Leia o código de conduta: ele vale para issues e pull requests tanto quanto para o chat.
  4. Escolha a issue aberta para iniciantes abaixo e comente que quer trabalhar nela antes de começar.
Para iniciantes Tudo
Abertas Todas

Issues em que talvez alguém já esteja trabalhando aparecem no fim. Ordenar tudo por data

  • Add an example SLURM config and remove the hardcoded cluster profiles
    Aberta
    • Algo errado?
    documentation

    Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 68/100

    nf-core/captnseq#20 ·

  • Replace the template conf/test_full.config
    Aberta
    • Algo errado?
    documentation

    Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 48/100

    nf-core/captnseq#18 ·

  • Add a fill-in params file and fix the example samplesheet
    Aberta
    • Algo errado?
    documentation

    Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 66/100

    nf-core/captnseq#17 ·

  • Write docs/output.md
    Aberta
    • Algo errado?
    documentation

    Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 78/100

    nf-core/captnseq#16 ·

  • Build the metromap of the tn-seq part
    Aberta
    • Algo errado?
    enhancement

    Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 28/100

    nf-core/captnseq#10 · 1 comentário ·

  • Find a more suitable name for the pipeline
    Aberta
    • Algo errado?
    documentation

    Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 18/100

    nf-core/captnseq#6 ·

  • Add a preprocessing step of tag filtering/trimming
    Talvez já em andamento Aberta
    • Algo errado?
    enhancement

    nf-core/captnseq#22 · 1 responsável ·

  • Implement single-end support
    Talvez já em andamento Aberta
    • Algo errado?
    enhancement

    nf-core/captnseq#21 · 1 responsável ·

  • Rewrite docs/usage.md for this pipeline
    Talvez já em andamento Aberta
    • Algo errado?
    documentation

    nf-core/captnseq#15 · 1 responsável ·

  • Repair the fully parallelized/multi-thread mode
    Talvez já em andamento Aberta
    • Algo errado?
    enhancement

    Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 25/100

    nf-core/captnseq#12 · 1 comentário · 1 responsável ·

  • Draft a proper documentation
    Talvez já em andamento Aberta
    • Algo errado?
    documentation

    Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 50/100

    nf-core/captnseq#5 · 1 responsável ·

  • Make them publicly available
    Talvez já em andamento Aberta
    • Algo errado?
    enhancement

    Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 12/100

    nf-core/captnseq#4 · 1 comentário · 1 responsável ·

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