GROMACS: periodic molecules (bonded across the cell boundary), and a first-run walkthrough
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Avaliação
- Dificuldade
- 4/5
- Tempo estimado
- 3-5 dias
- Facilidade para iniciantes
- 30/100
- Tipo de issue
- Funcionalidade
- Clareza
- Razoavelmente clara
- Status de atividade
- Ativa
- Domínio
- devtools, documentation
Direção de pesquisa
Start with the GROMACS editors, where the periodic-molecules setting would be added, and with the .mdp that ECCE writes, which currently has no such line. The payload names no source files. Check qe-first-calculation for the walkthrough format. Done means the setting appears in the editors and in the written .mdp, and the walkthrough steps match hand-run gmx output. Related: #253, #260.
Escrita pelo modelo de indexação a partir do texto da issue.
Descrição
1. periodic-molecules. The .mdp ECCE generates has no periodic-molecules setting, and the editors offer none. Infinite periodic systems (clays, other minerals, MOFs, crystals; the MINFF clay set uses periodic-molecules = yes) have bonds through the periodic boundary, so they need it, or mdrun fails or computes them wrongly. Add it to the GROMACS editors (on by default when the topology has bonds longer than half a box vector, or when the structure is marked periodic), and write it into the .mdp.
2. Help: a GROMACS walkthrough, like qe-first-calculation: a small system (a water box or a small solvated molecule) through minimisation → NVT → NPT → MD in ECCE. It should cover:
- which files are attached where (structure, topology, include files / force-field folder, #260);
- what each stage does;
- how to read the results (energies, structure, trajectory).
Each step is checked against running gmx by hand. A user who has never used GROMACS currently has no way in.
Related: #253, #260.
- Linguagem predominante
- C
- Estrelas
- 10
- Forks
- 8
- Merge médio
- 21min
- PRs com merge (30d)
- 1
Preparar o ambiente
Este projeto não oferece contêiner de desenvolvimento, Dockerfile nem guia de contribuição, então a configuração fica por sua conta: comece pelo README e veja nosso guia da primeira contribuição para os passos gerais.
Primeiros passos
- Leia a issue inteira e depois o guia de contribuição do projeto.
- Comente na issue dizendo que vai assumir — evita que duas pessoas façam o mesmo trabalho.
- Faça um fork do repositório e trabalhe em uma branch.
- Abra um pull request que referencie o número da issue.
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