id for each chain should be unique in multi chain output csvs
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評価
調査の方向性
レポートに記載されたコマンドを使って、bernoulli の例と 2 つの chains で問題を再現します。まず、Additional Information で言及されている parser.print の呼び出しと、出力 CSV のメタデータを書き込むコードを追跡します。各 chain の CSV がそれぞれ固有の id を報告し、model_2.csv が id = 2 を示せば完了です。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Summary:
Right now the id for each chain will always be the same in the output csv, but they should be different for each output file
Description:
Describe the issue as clearly as possible.
Reproducible Steps:
make examples/bernoulli/bernoulli
./examples/bernoulli/bernoulli sample num_chains=2 data file="./examples/bernoulli/bernoulli.data.R"
Current Output:
For model_2.csv as an example
# stan_version_major = 2
# stan_version_minor = 34
# stan_version_patch = 1
# model = bernoulli_model
# start_datetime = 2024-03-14 19:00:54 UTC
# method = sample (Default)
# sample
# num_samples = 1000 (Default)
# num_warmup = 1000 (Default)
# save_warmup = 0 (Default)
# thin = 1 (Default)
# adapt
# engaged = 1 (Default)
# gamma = 0.05 (Default)
# delta = 0.8 (Default)
# kappa = 0.75 (Default)
# t0 = 10 (Default)
# init_buffer = 75 (Default)
# term_buffer = 50 (Default)
# window = 25 (Default)
# save_metric = 0 (Default)
# algorithm = hmc (Default)
# hmc
# engine = nuts (Default)
# nuts
# max_depth = 10 (Default)
# metric = diag_e (Default)
# metric_file = (Default)
# stepsize = 1 (Default)
# stepsize_jitter = 0 (Default)
# num_chains = 2
# id = 1 (Default)
# data
Expected Output:
For model_2.csv
# stan_version_major = 2
# stan_version_minor = 34
# stan_version_patch = 1
# model = bernoulli_model
# start_datetime = 2024-03-14 19:00:54 UTC
# method = sample (Default)
# sample
# num_samples = 1000 (Default)
# num_warmup = 1000 (Default)
# save_warmup = 0 (Default)
# thin = 1 (Default)
# adapt
# engaged = 1 (Default)
# gamma = 0.05 (Default)
# delta = 0.8 (Default)
# kappa = 0.75 (Default)
# t0 = 10 (Default)
# init_buffer = 75 (Default)
# term_buffer = 50 (Default)
# window = 25 (Default)
# save_metric = 0 (Default)
# algorithm = hmc (Default)
# hmc
# engine = nuts (Default)
# nuts
# max_depth = 10 (Default)
# metric = diag_e (Default)
# metric_file = (Default)
# stepsize = 1 (Default)
# stepsize_jitter = 0 (Default)
# num_chains = 2
# id = 2
# data
Additional Information:
I swear I did this in the past, but I think what we need to do is pass an iterator for the chain number to parser.print so that when that function is printing the id we can override the value to be the chain id from within the stan program
Current Version:
v2.34.1
- 主要言語
- C++
- スター
- 240
- フォーク
- 105
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
環境構築
- Dockerfile・Docker Compose ファイルなし
- プルリクエストのテンプレートあり
- コントリビューションガイドを読む
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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