Python API tool for slicing image into channel dimension
評価
調査の方向性
src/scitiff/_img_processors.py の values API の位置から始め、tests/scitiff_values_test.py を確認してください。その後、チャンネルのセマンティクスについて、リンクされている IO および slicing のガイドを参照してください。expected output に記載された values の動作を実装し、ユニットテストを追加して、user guide に API をドキュメント化してください。提供されている hyperstack の例に対して検証してください。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Requirement
We would like to have a python interface that can be used like this:
from scitiff.data import hyperstack_example_with_variances_and_mask
import scitiff as stf
import scipp as sc
sample_img = hyperstack_example_with_variances_and_mask(concatenated_channel=True)
display(sample_img)
stf.values(sample_img)
Expected Output
Scitiff image (as scipp.DataArray or scipp.DataGroup) that does not have extra channel other than values(intentisites).
And channel dimension should be squeezed.
If other channels are already assembled as variances,
it should still drop the variances.
It that case, mask may not be dropped (we can maybe add a keyword argument to explicitly drop mask as well).
About the Project
Scitiff stands for scientific tiff.
It aims to encode scientific metadata as a plain text along with the image data in tiff.
See our scitiff documentation for more details.
Development Environment
See Developer Guide to set up the local environment.
Setting up a remote repository
Go to the base branch, channel-slicer, and fork the repo.
TODO list of this issue
-
Complete the implementation of the
valuesAPI.
https://github.com/scipp/scitiff/blob/bea312571bbcfc9d6c3609d8f1ecbf3c408c42a3/src/scitiff/_img_processors.py#L9-L11 -
Write documentation page. Under user-guide, Could be a separate sub-issue
-
Write unit tests. Could be a separate sub-issue
https://github.com/scipp/scitiff/blob/f76534453b028c9471e6ef70fb78a2e64a87c926/tests/scitiff_values_test.py#L1-L3 -
Test with ImageJ (Optional)
-
Open a PR (Pull Request)
Set the base branch tochannel-slicer.
Related Information for Implementation
Scipp User Guide for Slicing
https://scipp.github.io/user-guide/slicing.html
We are going to learn more about scipp on Wednesday, so no need to dig in too deep 😁
IO module documentation
IO Helper Tutorial
Good starting point to see what scitiff do and to see what helper functions there are for development.
Meaning of Channel in Scitiff
This section of IO tutorial explains what channels mean in scitiff.
- 主要言語
- Python
- スター
- 0
- フォーク
- 2
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
環境構築
- Dockerfile・Docker Compose ファイルなし
- プルリクエストのテンプレートなし
- コントリビューションガイドを読む
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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