Python API tool for slicing image into channel dimension

Aperta
  • Qualcosa non va?
#38 0 commenti 0 reazioni 0 assegnatari Vedi su GitHub

@YooSunYoung ci sta già lavorando.

Dal 10/9/2026.

  • #72 di @YooSunYoung — aperta

Valutazione

Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Idoneità per principianti
35/100
Tipo di issue
Funzionalità
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
python
Ambito
data

Direzione di ricerca

Inizia da src/scitiff/_img_processors.py in corrispondenza della posizione dell’API values ed esamina tests/scitiff_values_test.py, quindi consulta le guide collegate su IO e slicing per la semantica dei canali. Implementa il comportamento di values descritto nell’output previsto, aggiungi test unitari e documenta l’API nella guida utente; verifica il tutto con l’esempio di hyperstack fornito.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

Requirement

We would like to have a python interface that can be used like this:

from scitiff.data import hyperstack_example_with_variances_and_mask
import scitiff as stf
import scipp as sc

sample_img = hyperstack_example_with_variances_and_mask(concatenated_channel=True)
display(sample_img)

stf.values(sample_img)

Expected Output

Scitiff image (as scipp.DataArray or scipp.DataGroup) that does not have extra channel other than values(intentisites).

And channel dimension should be squeezed.

If other channels are already assembled as variances,
it should still drop the variances.

It that case, mask may not be dropped (we can maybe add a keyword argument to explicitly drop mask as well).

About the Project

Scitiff stands for scientific tiff.

It aims to encode scientific metadata as a plain text along with the image data in tiff.

See our scitiff documentation for more details.

Development Environment

See Developer Guide to set up the local environment.

Setting up a remote repository

Go to the base branch, channel-slicer, and fork the repo.

TODO list of this issue

Related Information for Implementation

Scipp User Guide for Slicing

https://scipp.github.io/user-guide/slicing.html

We are going to learn more about scipp on Wednesday, so no need to dig in too deep 😁

IO module documentation

IO Helper Tutorial
Good starting point to see what scitiff do and to see what helper functions there are for development.

Meaning of Channel in Scitiff

This section of IO tutorial explains what channels mean in scitiff.

Lingua principale
Python
Stelle
0
Fork
2
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Preparare l'ambiente

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

Altre issue di scipp/scitiff

Tutte le issue di scipp/scitiff

Issue simili

Altre issue su Python

Ricevi le nuove issue nella tua casella

Un breve riepilogo di issue GitHub adatte ai principianti.