samtools/htslib

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C library for high-throughput sequencing data formats

スター: 950
フォーク: 475
オープンの初心者向け issue: 0
索引済み issue: 139
平均マージ: 3日 13時間
マージ済み PR（30日）: 11

主要言語: C
ライセンス: ライセンスのデータがありません
最終 GitHub push: 2026年9月17日
最新の索引: 2026年9月20日
コントリビューションガイド: コントリビューションガイド
行動規範: 行動規範がありません
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オープンの issue を 139 件索引しました

[Bug]hts_getline() aborts on a bzip2-compressed input: hts_detect_format() classifies BZh-prefixed data as bzip2_compression, but the line reader only handles no_compression/gzip/bgzf and hits default: abort() (CWE-617) オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 74/100

samtools/htslib#2091 · 2026年9月15日に作成
[Bug]Signed integer overflow in bcf_get_version() on the VCF header path: the version string ##fileformat=VCFv4.<huge> drives ver += tmp * 1000 past LONG_MAX (UBSan trap @ vcf.c:186, CWE-190) オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 76/100

samtools/htslib#2088 · コメント 2 件 · 2026年9月15日に作成
CI testing for signed-off-by commits オープン

samtools/htslib#2014 · 担当者 1 名 · 2026年5月20日に作成
Suggestion: populate INFO name in warning "INFO tag id=146" オープン

samtools/htslib#1996 · コメント 4 件 · 担当者 1 名 · 2026年2月20日に作成
tabix performance オープン

samtools/htslib#1949 · コメント 1 件 · 担当者 1 名 · 2025年9月2日に作成
hts_idx_t file query API オープン

samtools/htslib#1902 · コメント 4 件 · 担当者 1 名 · 2025年4月2日に作成
Add option to disable periodic `hflush` during multithreaded writes? オープン

samtools/htslib#1869 · コメント 1 件 · 担当者 1 名 · 2025年1月2日に作成
`bcftools consensous` fails to write to GCP オープン

samtools/htslib#1865 · コメント 1 件 · 担当者 1 名 · 2024年11月11日に作成
Google Cloud Storage hFILE not using multipart / resumable uploads or downloads for reliability オープン

samtools/htslib#1814 · コメント 4 件 · 担当者 1 名 · 2024年7月31日に作成
Linking against Intel ISAL for faster deflate operations オープン

samtools/htslib#1780 · コメント 9 件 · 担当者 1 名 · 2024年5月6日に作成
No warning on messed up VCF オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 38/100

samtools/htslib#1778 · 2024年4月30日に作成
todo: Improve `--regions-overlap variant` オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

samtools/htslib#1746 · 2024年2月9日に作成
Index file downloads when using GCS file オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 38/100

samtools/htslib#1615 · コメント 1 件 · 2023年5月3日に作成
`bcftools view` with region filter drops variants at POS=0 (telomeres) オープン

samtools/htslib#1571 · コメント 5 件 · 担当者 1 名 · 2023年2月24日に作成
int overflow for big variant lines in vcf オープン

samtools/htslib#1539 · コメント 4 件 · 担当者 1 名 · 2022年12月16日に作成
bcf_hdr_remove leaves hash keys behind オープン

samtools/htslib#1533 · コメント 10 件 · 担当者 1 名 · 2022年12月6日に作成
tabix returns row from VCF file multiple times オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 38/100

samtools/htslib#1470 · コメント 4 件 · 2022年7月11日に作成
Extend vcf.h API to distinguish between the two indel types オープン

breaks-ABI

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

samtools/htslib#1454 · コメント 1 件 · 2022年6月14日に作成
Feature request: extend mpileup API オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 30/100

samtools/htslib#1453 · コメント 3 件 · 2022年6月14日に作成
Add support for bam/bai files in Azure blob storage オープン

samtools/htslib#1440 · コメント 6 件 · 担当者 1 名 · 2022年5月25日に作成
tabix: how to retain header for arbitrary file types? オープン

samtools/htslib#1434 · コメント 2 件 · 担当者 1 名 · 2022年5月11日に作成
Random read error on google cloud. オープン

samtools/htslib#1424 · コメント 4 件 · 担当者 1 名 · 2022年4月21日に作成
hts_log_error() extension for better error reporting オープン

samtools/htslib#1397 · コメント 5 件 · 担当者 1 名 · 2022年2月14日に作成
[Documentation] Short examples? オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 45/100

samtools/htslib#1368 · コメント 1 件 · リアクション 3 件 · 2022年1月1日に作成
Feature request: Add option to tabix to interleave multiple bgzipped indexed files, without the need for external resorting. オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

samtools/htslib#1338 · コメント 12 件 · リアクション 2 件 · 2021年10月4日に作成
Warning: shared-lib-calls-exit detected by a lint tool オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 25/100

samtools/htslib#1315 · コメント 1 件 · 2021年8月8日に作成
Increase the mpileup default maximum depth オープン

samtools/htslib#1272 · 担当者 1 名 · 2021年4月20日に作成
hts_str2dbl() (and hts_expr) can't parse hex by default on Illumos/OpenIndiana オープン

samtools/htslib#1251 · 担当者 1 名 · 2021年3月9日に作成
HTSlib should fail on trailing INFO garbage オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

samtools/htslib#1253 · コメント 3 件 · 2021年3月9日に作成
Trouble building htslib-1.11.tar.bz2 オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 25/100

samtools/htslib#1243 · コメント 5 件 · 2021年2月26日に作成
bgzf_useek and bgzidx_t scope オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

samtools/htslib#1239 · 2021年2月19日に作成
Skip to last record using tabix オープン

samtools/htslib#1231 · コメント 2 件 · 担当者 1 名 · 2021年2月13日に作成
bcf_hdr_parse_line() validation of INFO/FORMAT/etc keys and IDs オープン

samtools/htslib#1218 · 担当者 1 名 · 2021年2月2日に作成
Allow empty file in `bcf_sr_set_regions` オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 42/100

samtools/htslib#1183 · コメント 1 件 · 2020年12月1日に作成
Wish list - automatic merging and/or concatenation. オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 20/100

samtools/htslib#1174 · 2020年11月3日に作成
CRAM incorrectly reporting success after malloc failure on read using threads オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

samtools/htslib#1122 · 2020年8月18日に作成
Phasing of first genotype オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

samtools/htslib#1113 · コメント 5 件 · 2020年7月28日に作成
Multiple strings in FORMAT fields オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

samtools/htslib#1111 · コメント 2 件 · 2020年7月24日に作成
a patch to fix some broken 'wbu' case オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

samtools/htslib#1101 · コメント 5 件 · 2020年7月10日に作成
bcf_hdr_parse_line() and bcf_hrec_add_key() in vcf.c do not check for INFO and FORMAT keys matching VCF specifications オープン

samtools/htslib#1065 · コメント 1 件 · 担当者 1 名 · 2020年5月13日に作成
tabix randomly and silently dropping records retrieved from GCS bucket オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

samtools/htslib#1037 · コメント 25 件 · 2020年3月3日に作成
GCE implementation does not support user pays buckets オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

samtools/htslib#993 · コメント 5 件 · 2019年11月28日に作成
make -j race condition on "make install install-htslib" オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 45/100

samtools/htslib#991 · 2019年11月26日に作成
Issues with long ref and ref-skips オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 42/100

samtools/htslib#971 · コメント 3 件 · 2019年11月14日に作成
Potential for lzma dependency avoidance. オープン

enhancement

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

samtools/htslib#937 · コメント 2 件 · 2019年9月25日に作成
hts_idx_set_meta オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 42/100

samtools/htslib#936 · コメント 8 件 · 2019年9月24日に作成
synced_bcf_reader needs to better handle running out of file descriptors オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 25/100

samtools/htslib#886 · 2019年6月25日に作成
For consideration: replace cram rANS with htscodecs オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

samtools/htslib#875 · コメント 2 件 · 2019年5月24日に作成
Expose hFILE_backend and hfile_init to allow custom hFILE implementations オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

samtools/htslib#849 · コメント 1 件 · 2019年4月4日に作成
max_unpack BCF_UN_STR SIGSEGV, other strange behavior オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

samtools/htslib#848 · コメント 5 件 · 2019年4月3日に作成

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