samtools/htslib

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C library for high-throughput sequencing data formats

Estrellas: 950
Forks: 475
Issues abiertos para principiantes: 0
Issues indexados: 139
Merge medio: 3 d 13 h
PR fusionados (30 d): 11

Lenguaje dominante: C
Licencia: Sin datos de licencia
Último push a GitHub: 17/9/2026
Última indexación: 20/9/2026
Guía de contribución: Guía de contribución
Código de conducta: Sin código de conducta
Etiquetas para principiantes: Sin etiquetas para principiantes indexadas

Para principiantes Todo

Abierto Todos

139 issues abiertos indexados

[Bug]hts_getline() aborts on a bzip2-compressed input: hts_detect_format() classifies BZh-prefixed data as bzip2_compression, but the line reader only handles no_compression/gzip/bgzf and hits default: abort() (CWE-617) Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 74/100

samtools/htslib#2091 · Abierto el 15/9/2026
[Bug]Signed integer overflow in bcf_get_version() on the VCF header path: the version string ##fileformat=VCFv4.<huge> drives ver += tmp * 1000 past LONG_MAX (UBSan trap @ vcf.c:186, CWE-190) Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 76/100

samtools/htslib#2088 · 2 comentarios · Abierto el 15/9/2026
CI testing for signed-off-by commits Abierto

samtools/htslib#2014 · 1 asignado · Abierto el 20/5/2026
Suggestion: populate INFO name in warning "INFO tag id=146" Abierto

samtools/htslib#1996 · 4 comentarios · 1 asignado · Abierto el 20/2/2026
tabix performance Abierto

samtools/htslib#1949 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 2/9/2025
hts_idx_t file query API Abierto

samtools/htslib#1902 · 4 comentarios · 1 asignado · Abierto el 2/4/2025
Add option to disable periodic `hflush` during multithreaded writes? Abierto

samtools/htslib#1869 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 2/1/2025
`bcftools consensous` fails to write to GCP Abierto

samtools/htslib#1865 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 11/11/2024
Google Cloud Storage hFILE not using multipart / resumable uploads or downloads for reliability Abierto

samtools/htslib#1814 · 4 comentarios · 1 asignado · Abierto el 31/7/2024
Linking against Intel ISAL for faster deflate operations Abierto

samtools/htslib#1780 · 9 comentarios · 1 asignado · Abierto el 6/5/2024
No warning on messed up VCF Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 38/100

samtools/htslib#1778 · Abierto el 30/4/2024
todo: Improve `--regions-overlap variant` Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

samtools/htslib#1746 · Abierto el 9/2/2024
Index file downloads when using GCS file Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 38/100

samtools/htslib#1615 · 1 comentario · Abierto el 3/5/2023
`bcftools view` with region filter drops variants at POS=0 (telomeres) Abierto

samtools/htslib#1571 · 5 comentarios · 1 asignado · Abierto el 24/2/2023
int overflow for big variant lines in vcf Abierto

samtools/htslib#1539 · 4 comentarios · 1 asignado · Abierto el 16/12/2022
bcf_hdr_remove leaves hash keys behind Abierto

samtools/htslib#1533 · 10 comentarios · 1 asignado · Abierto el 6/12/2022
tabix returns row from VCF file multiple times Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 38/100

samtools/htslib#1470 · 4 comentarios · Abierto el 11/7/2022
Extend vcf.h API to distinguish between the two indel types Abierto

breaks-ABI

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

samtools/htslib#1454 · 1 comentario · Abierto el 14/6/2022
Feature request: extend mpileup API Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 30/100

samtools/htslib#1453 · 3 comentarios · Abierto el 14/6/2022
Add support for bam/bai files in Azure blob storage Abierto

samtools/htslib#1440 · 6 comentarios · 1 asignado · Abierto el 25/5/2022
tabix: how to retain header for arbitrary file types? Abierto

samtools/htslib#1434 · 2 comentarios · 1 asignado · Abierto el 11/5/2022
Random read error on google cloud. Abierto

samtools/htslib#1424 · 4 comentarios · 1 asignado · Abierto el 21/4/2022
hts_log_error() extension for better error reporting Abierto

samtools/htslib#1397 · 5 comentarios · 1 asignado · Abierto el 14/2/2022
[Documentation] Short examples? Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 45/100

samtools/htslib#1368 · 1 comentario · 3 reacciones · Abierto el 1/1/2022
Feature request: Add option to tabix to interleave multiple bgzipped indexed files, without the need for external resorting. Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

samtools/htslib#1338 · 12 comentarios · 2 reacciones · Abierto el 4/10/2021
Warning: shared-lib-calls-exit detected by a lint tool Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

samtools/htslib#1315 · 1 comentario · Abierto el 8/8/2021
Increase the mpileup default maximum depth Abierto

samtools/htslib#1272 · 1 asignado · Abierto el 20/4/2021
hts_str2dbl() (and hts_expr) can't parse hex by default on Illumos/OpenIndiana Abierto

samtools/htslib#1251 · 1 asignado · Abierto el 9/3/2021
HTSlib should fail on trailing INFO garbage Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

samtools/htslib#1253 · 3 comentarios · Abierto el 9/3/2021
Trouble building htslib-1.11.tar.bz2 Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

samtools/htslib#1243 · 5 comentarios · Abierto el 26/2/2021
bgzf_useek and bgzidx_t scope Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

samtools/htslib#1239 · Abierto el 19/2/2021
Skip to last record using tabix Abierto

samtools/htslib#1231 · 2 comentarios · 1 asignado · Abierto el 13/2/2021
bcf_hdr_parse_line() validation of INFO/FORMAT/etc keys and IDs Abierto

samtools/htslib#1218 · 1 asignado · Abierto el 2/2/2021
Allow empty file in `bcf_sr_set_regions` Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 42/100

samtools/htslib#1183 · 1 comentario · Abierto el 1/12/2020
Wish list - automatic merging and/or concatenation. Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

samtools/htslib#1174 · Abierto el 3/11/2020
CRAM incorrectly reporting success after malloc failure on read using threads Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

samtools/htslib#1122 · Abierto el 18/8/2020
Phasing of first genotype Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

samtools/htslib#1113 · 5 comentarios · Abierto el 28/7/2020
Multiple strings in FORMAT fields Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

samtools/htslib#1111 · 2 comentarios · Abierto el 24/7/2020
a patch to fix some broken 'wbu' case Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

samtools/htslib#1101 · 5 comentarios · Abierto el 10/7/2020
bcf_hdr_parse_line() and bcf_hrec_add_key() in vcf.c do not check for INFO and FORMAT keys matching VCF specifications Abierto

samtools/htslib#1065 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 13/5/2020
tabix randomly and silently dropping records retrieved from GCS bucket Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

samtools/htslib#1037 · 25 comentarios · Abierto el 3/3/2020
GCE implementation does not support user pays buckets Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

samtools/htslib#993 · 5 comentarios · Abierto el 28/11/2019
make -j race condition on "make install install-htslib" Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

samtools/htslib#991 · Abierto el 26/11/2019
Issues with long ref and ref-skips Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 42/100

samtools/htslib#971 · 3 comentarios · Abierto el 14/11/2019
Potential for lzma dependency avoidance. Abierto

enhancement

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

samtools/htslib#937 · 2 comentarios · Abierto el 25/9/2019
hts_idx_set_meta Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 42/100

samtools/htslib#936 · 8 comentarios · Abierto el 24/9/2019
synced_bcf_reader needs to better handle running out of file descriptors Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

samtools/htslib#886 · Abierto el 25/6/2019
For consideration: replace cram rANS with htscodecs Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

samtools/htslib#875 · 2 comentarios · Abierto el 24/5/2019
Expose hFILE_backend and hfile_init to allow custom hFILE implementations Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

samtools/htslib#849 · 1 comentario · Abierto el 4/4/2019
max_unpack BCF_UN_STR SIGSEGV, other strange behavior Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

samtools/htslib#848 · 5 comentarios · Abierto el 3/4/2019

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