Supporting multiple interventions
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評価
調査の方向性
Start with set_intervention_ach(), generate_setting_intervention_switches(), and calculate_efficacy_from_ach(); the issue says these currently store and read a single intervention. Review the ACH framework introduced in #142 and compare the indexing approach in malariasimulation’s R/mda_parameters.R. Done means a simulation can use multiple interventions per setting, with indexing, coverage behavior, joint coverage, and parameter naming resolved.
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Work in progress on branch `multiple-interventions'.
The ACH intervention framework (added in #142) currently supports one intervention per setting (workplace, school, leisure, household, or joint). Generalising it to several interventions in a single simulation raises the points below, collected from review of #142.
Points to address
- Single intervention stored as a length-1 list.
set_intervention_ach()wraps the intervention inlist(), and downstream code readsinterventions[[1]](e.g.$coverageingenerate_setting_intervention_switches(), and incalculate_efficacy_from_ach()). Callingset_intervention_ach()twice for the same setting overwrites the first intervention rather than adding to it. - Indexing interventions. Interventions need a way to be identified and looked up. Options: key them by the
namefrommake_intervention(), or use a user-assigned index, as in malariasimulation: https://github.com/mrc-ide/malariasimulation/blob/master/R/mda_parameters.R - Coverage across interventions. Decide whether coverage of multiple interventions is clumped (same locations covered) or independent.
- Joint coverage.
intervention_joint_coverageis taken from a single intervention; check it behaves correctly once there is more than one. - Parameter naming. The
intervention_<setting>_<param>convention may not scale to several interventions. One option isaqi_intervention_<setting>_<param>; this needs revisiting as part of this work.
From Tom: "In malariasimulation, where multiple interventions of a similar type are used the user assigns them an index which then helps the internal code work through this kind of issue (see https://github.com/mrc-ide/malariasimulation/blob/master/R/mda_parameters.R if interested). Here we have the intervention name from make_intervention which feels like it should be a useful way to resolve the multiple intervention issue."
- 主要言語
- R
- スター
- 8
- フォーク
- 4
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
環境構築
このプロジェクトには開発コンテナ、Dockerfile、コントリビューションガイドがありません。まず README を読み、一般的な手順ははじめてのコントリビューションガイドを参照してください。
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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