nf-core/sarek

Enable Mutect2 force-calling using --alleles flag

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#1,883 opened on 2025/05/02

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説明

Description of feature

Would it be possible to expose the --alleles flag for gatk mutect2 force-calling. This would allow the user to provide a reference vcf of variants on which to force call mutations in the sample of interest.

コントリビューターガイド

調査方針
パイプライン内のMutect2プロセス定義を見つけ、コマンドに allelesパラメーターを追加し、関連する設定ファイルを更新してください。
技術スタック
なし
領域
data
Issue 種別
機能
難度新しい貢献者にとっての実装難度です。1 は非常に小さな変更、5 は専門的な作業です。
2
推定時間経験ある貢献者が調査、実装、テスト、pull request 準備にかけるおおよその時間範囲です。
1-3時間
活動状況Issue が今どれだけ取り組みやすいかを示します。新しい、活発、古い、ブロック中、またはメンテナー入力待ちなどです。
新着
明確さ期待される変更、受け入れ条件、次の手順がどれだけ明確かを示します。
明確
前提条件
Nextflow
初心者向け度初回貢献者にどれだけ取り組みやすいかを 1-100 で推定したスコアです。
70