nf-core/modules

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Repository to host tool-specific module files for the Nextflow DSL2 community!

スター: 429
フォーク: 1.1k
オープンの初心者向け issue: 3
索引済み issue: 316
平均マージ: 1日 12時間
マージ済み PR（30日）: 148

主要言語: Nextflow
ライセンス: MIT
最終 GitHub push: 2026年9月20日
最新の索引: 2026年9月19日
コントリビューションガイド: コントリビューションガイド
行動規範: 行動規範がありません
初心者向けラベル: good first issue help wanted

初心者向けすべて

オープンすべて

ABRA2 index never output オープン

bug

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 78/100

nf-core/modules#13011 · 2026年9月22日に作成
interproscan: staged database is ignored (relative INTERPROSCAN_CONF, wrong bin/data directories) オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 68/100

nf-core/modules#13009 · 2026年9月22日に作成
[FEATURE] polyglot runtime and publishable Distroless image オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 15/100

nf-core/modules#12997 · 2026年9月19日に作成
update module: SHOVILL オープン

update module

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

nf-core/modules#12980 · 2026年9月16日に作成
new module: metaproviz/internalstandard オープン

new module wishlist

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 55/100

nf-core/modules#12957 · コメント 1 件 · 2026年9月15日に作成
new module: PSAURON オープン

new module

nf-core/modules#12956 · 担当者 1 名 · 2026年9月14日に作成
Migrate to topic: universc オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 20/100

nf-core/modules#12951 · 2026年9月14日に作成
Migrate to topic: narfmap/hashtable オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 35/100

nf-core/modules#12944 · 2026年9月14日に作成
New module: motifmatchr/matchmotifs オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

nf-core/modules#12926 · 2026年9月10日に作成
new module: telomerehunter2 オープン

new module wishlist

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 72/100

nf-core/modules#12916 · 2026年9月10日に作成
New module: nucleoatac オープン

new module wishlist

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 72/100

nf-core/modules#12914 · 2026年9月10日に作成
Adopt topic channels in all nf-core modules [PART 8] オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

nf-core/modules#12884 · 2026年9月3日に作成
`manta/germline`: pinned container segfaults in `GenerateSVCandidates` on WGS trios オープン

bug

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

nf-core/modules#12881 · 2026年9月3日に作成
New modules: STAR Suite alignment and genome generation オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

nf-core/modules#12825 · 2026年8月27日に作成
new module: HYPHY/RELAX オープン

new module

nf-core/modules#12810 · 担当者 1 名 · 2026年8月26日に作成
new module: HYPHY/various tools オープン

new module

nf-core/modules#12802 · 担当者 1 名 · 2026年8月26日に作成
Topics migration: Problematic modules オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

nf-core/modules#12792 · コメント 1 件 · 2026年8月25日に作成
hmmer/hmmrank: multi-model domtblout multiplies rank rows and unions coordinates across profiles オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 55/100

nf-core/modules#12787 · 2026年8月25日に作成
new module: cnvkit/referencepooled オープン

new module wishlist

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 55/100

nf-core/modules#12668 · 2026年8月13日に作成
update module: cellranger オープン

update module

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 72/100

nf-core/modules#12660 · コメント 1 件 · 2026年8月12日に作成
[FEATURE] Support generating a pooled reference in cnvkit/reference オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 64/100

nf-core/modules#12656 · コメント 2 件 · 2026年8月11日に作成
Port aspera_cli from fetchngs to the modules repo オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 45/100

nf-core/modules#12649 · 2026年8月11日に作成
bakta/bakta: gzip output files オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 55/100

nf-core/modules#12643 · 2026年8月10日に作成
new module: STRAGLR オープン

new module

nf-core/modules#12640 · 担当者 1 名 · 2026年8月9日に作成
new module: isocall/assignreads オープン

new module

nf-core/modules#12595 · 担当者 1 名 · 2026年8月5日に作成
new module: isocall/call オープン

new module

nf-core/modules#12594 · 担当者 1 名 · 2026年8月5日に作成
new module: isocall/merge オープン

new module

nf-core/modules#12593 · 担当者 1 名 · 2026年8月5日に作成
new module: isocall/profile オープン

new module

nf-core/modules#12592 · 担当者 1 名 · 2026年8月5日に作成
new module: isocall/prepisoforms オープン

new module

nf-core/modules#12591 · 担当者 1 名 · 2026年8月5日に作成
Sentieon License file resolution breaks if not supplied オープン

bug

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 45/100

nf-core/modules#12544 · 2026年8月4日に作成
Migrate to topic repeatmodeler/repeatmodeler オープン

nf-core/modules#12511 · 担当者 1 名 · 2026年8月3日に作成
Migrate to topic repeatmodeler/builddatabase オープン

nf-core/modules#12510 · 担当者 1 名 · 2026年8月3日に作成
Adopt topic channels in all nf-core modules [PART 7] オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 30/100

nf-core/modules#12502 · 2026年8月3日に作成
fmh-funprofiler silent errors オープン

bug

nf-core/modules#12416 · 担当者 1 名 · 2026年7月23日に作成
update module: FASTP オープン

update module

nf-core/modules#12397 · コメント 1 件 · 担当者 1 名 · 2026年7月22日に作成
update module: BCFTOOLS/MERGE オープン

update module

nf-core/modules#12373 · 担当者 1 名 · 2026年7月15日に作成
Migrate to topic narfmap/hashtable オープン

nf-core/modules#12319 · コメント 1 件 · 担当者 1 名 · 2026年7月8日に作成
new module: presto/assemblepairs オープン

new module wishlist

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

nf-core/modules#12225 · 2026年7月1日に作成
new module: ciri2 オープン

new module wishlist

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 45/100

nf-core/modules#12223 · コメント 2 件 · 2026年7月1日に作成
new module: presto/pairseq オープン

new module wishlist

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

nf-core/modules#12206 · 2026年6月30日に作成
new module: EUBIBRIDGE オープン

new module

nf-core/modules#12204 · 担当者 1 名 · 2026年6月30日に作成
new module: primer3 オープン

new module

nf-core/modules#12199 · 担当者 1 名 · 2026年6月30日に作成
update module: presto/filterseq オープン

update module

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

nf-core/modules#12192 · 2026年6月29日に作成
gatk4/postprocessgermlinecnvcalls incorrect file type extension オープン

bug

nf-core/modules#12169 · コメント 1 件 · 担当者 1 名 · 2026年6月25日に作成
new module: griffin/gc_correct オープン

new module

nf-core/modules#12120 · 担当者 1 名 · 2026年6月22日に作成
new module: refinegems オープン

new module

nf-core/modules#11934 · リアクション 1 件 · 担当者 2 名 · 2026年6月9日に作成
Migrate to topic lissero オープン

nf-core/modules#11908 · 担当者 1 名 · 2026年6月8日に作成
Adopt topic channels in all nf-core modules [PART 6] オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

nf-core/modules#11898 · 2026年6月8日に作成
Change `params.json` output path オープン

enhancement question

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

nf-core/modules#11760 · コメント 3 件 · 2026年5月26日に作成
new module: anvio/anvi-gen-contigs-database オープン

new module

nf-core/modules#11712 · 担当者 1 名 · 2026年5月20日に作成

nf-core/modules

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