Multi-gpu processing on tch branch of Modkit
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評価
- 難易度
- 4/5
- 見積もり時間
- 3〜5日
- 初心者へのやさしさ
- 48/100
- issue の種類
- 機能追加
- 明瞭さ
- おおむね明確
- 活発さ
- 静か
- 技術スタック
- rust
- 領域
- cli, hpc, machine-learning
調査の方向性
Start on the tch branch at the modkit open-chromatin predict entry point and trace how the --device value selects CUDA devices. Determine how multi-GPU processing should use devices 0, 1, 2, and 3 while preserving the current single-device mode. Done means prediction can use all available GPUs as requested and the existing command still works with one device.
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Hi team
Thanks for modkit. I'm using it to predict open-chromatin. The tch branch of it is indeed very fast on our HPC compared to the CPU only version - but the limitation is only one GPU can be specified instead of using all. For instance - I have a gpu node with 4 x A100 available presented as CUDA devices 0,1,2,3. It would be great if it could use all devices similar to dorado.
For others looking to set this up on a HPC to overcome a lot of GCC issues and torch and having to recompile I downloaded a suitable apptainer image by:
apptainer pull docker://nvidia/cuda:12.6.1-cudnn-runtime-ubuntu24.04
and then ran modkit within the apptainer image which solved a lot of the issues:
apptainer exec --nv --env LD_LIBRARY_PATH=/rds/homes/b/beggsa/beggsa-clinicalnanopore/software/modkit-gpu/libtorch/lib /rds/projects/b/beggsa-clinicalnanopore/software/modkit-gpu/cuda_12.6.1-cudnn-runtime-ubuntu24.04.sif bash -c '/rds/homes/b/beggsa/beggsa-clinicalnanopore/software/modkit-gpu/modkit open-chromatin predict germline_temp6mA.bam --model /rds/projects/b/beggsa-clinicalnanopore/software/modkit/models/r1041_e82_400bps_hac_v5.2.0\@v0.1.0/ --log modkit_predict.log -o ./accessible_regions.bedgraph --threshold 0.8 --device 0'
- 主要言語
- Rust
- スター
- 280
- フォーク
- 35
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
環境構築
このプロジェクトには開発コンテナ、Dockerfile、コントリビューションガイドがありません。まず README を読み、一般的な手順ははじめてのコントリビューションガイドを参照してください。
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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