Hacktoberfest 2026：メンテナが10月に向けて印を付けた、オープンで初心者向けの issue。 Hacktoberfest の issue を見る

pileup CLI parse failure

オープン
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評価

難易度
3/5
見積もり時間
1〜2日
初心者へのやさしさ
55/100
issue の種類
バグ
明瞭さ
おおむね明確
活発さ
静か
技術スタック
rust
領域
cli

調査の方向性

Reproduce the two modkit pileup command forms shown in the issue, first with --bgzf before --modified-bases and then after it, and capture the parse failure. Trace the pileup CLI argument parsing to determine why flag order changes the result; done means both command forms are accepted with equivalent output.

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

説明

troubleshooting

When I used this command: modkit pileup --reference ../../references/all_5mers.fa --bgzf --modified-bases C:m ../control_rep2.sorted.bam ./control_rep2.bedMethy.gz, it failed.

Image

But when I put --bgzf after --modified-bases C:m, just like this: modkit pileup --reference ../../references/all_5mers.fa --modified-bases C:m --bgzf ../control_rep2.sorted.bam ./control_rep2.bedMethy.gz it worked

Image
主要言語
Rust
スター
276
フォーク
33
30日以内にマージされた PR はありません

環境構築

このプロジェクトには開発コンテナ、Dockerfile、コントリビューションガイドがありません。まず README を読み、一般的な手順ははじめてのコントリビューションガイドを参照してください。

はじめの一歩

  1. issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
  2. 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
  3. リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
  4. issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。

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