pileup CLI parse failure

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When I used this command: modkit pileup --reference ../../references/all_5mers.fa --bgzf --modified-bases C:m ../control_rep2.sorted.bam ./control_rep2.bedMethy.gz, it failed.

But when I put --bgzf after --modified-bases C:m, just like this: modkit pileup --reference ../../references/all_5mers.fa --modified-bases C:m --bgzf ../control_rep2.sorted.bam ./control_rep2.bedMethy.gz it worked

Preparare l'ambiente

Come iniziare

1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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