Invalid data for modkit dmr pair
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評価
- 難易度
- 3/5
- 見積もり時間
- 1〜2日
- 初心者へのやさしさ
- 54/100
- issue の種類
- バグ
- 明瞭さ
- おおむね明確
- 活発さ
- 静か
- 技術スタック
- rust
調査の方向性
Start with the bedMethyl definition linked in the report and reproduce the validation error using the provided line and modkit_v0.6.1_481e3c9. Trace the check that compares valid coverage with canonical and modified counts; done means records including count_other are validated consistently and the reported example no longer fails incorrectly.
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Dear devs,
Thanks for the great tool. I am doing some DMR analysis, but I found an error when modkit loads the data as it is comparing the valid_coverage only with count_methylated + count_cannonical, in the bedMehtyl definition, it should be Nvalid_cov = Nmod + Nother_mod + Ncanonical:
For example, this is my error:
batch failed: invalid data, valid coverage (8) is not equal to the sum of canonical and modified counts (6), [BedMethylLine { chrom: "1", interval: Interval { start: 3259525, stop: 3259526, val: () }, raw_mod_code: Code('m'), strand: Positive, count_methylated: 4, valid_coverage: 8, count_canonical: 2, count_other: 2, count_delete: 0, count_fail: 4, count_diff: 0, count_nocall: 0 }] chrom: 1 starting at 3259525, stopping
The line in the bedMethyl is:
1 3259525 3259526 m 8 + 3259525 3259526 255,0,0 8 50.00 4 2 2 04 0 0
valid_coverage = 8 (col 5 and 10)
count_methylated = 4 (col 12)
count_cannonical = 2 (col 13)
count_other_mod = 2 (col 14)
I am using modkit_v0.6.1_481e3c9
- 主要言語
- Rust
- スター
- 274
- フォーク
- 33
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
環境構築
このプロジェクトの環境構築ファイルはまだ確認していません。まず README を読み、一般的な手順ははじめてのコントリビューションガイドを参照してください。
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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