Invalid data for modkit dmr pair
Nessuno ha ancora preso questa issue.
Valutazione
- Difficoltà
- 3/5
- Tempo stimato
- 1-2 giorni
- Idoneità per principianti
- 54/100
- Tipo di issue
- Bug
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Stato di attività
- Tranquilla
- Stack tecnologico
- rust
- Ambito
- bioinformatics
Direzione di ricerca
Start with the bedMethyl definition linked in the report and reproduce the validation error using the provided line and modkit_v0.6.1_481e3c9. Trace the check that compares valid coverage with canonical and modified counts; done means records including count_other are validated consistently and the reported example no longer fails incorrectly.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Dear devs,
Thanks for the great tool. I am doing some DMR analysis, but I found an error when modkit loads the data as it is comparing the valid_coverage only with count_methylated + count_cannonical, in the bedMehtyl definition, it should be Nvalid_cov = Nmod + Nother_mod + Ncanonical:
For example, this is my error:
batch failed: invalid data, valid coverage (8) is not equal to the sum of canonical and modified counts (6), [BedMethylLine { chrom: "1", interval: Interval { start: 3259525, stop: 3259526, val: () }, raw_mod_code: Code('m'), strand: Positive, count_methylated: 4, valid_coverage: 8, count_canonical: 2, count_other: 2, count_delete: 0, count_fail: 4, count_diff: 0, count_nocall: 0 }] chrom: 1 starting at 3259525, stopping
The line in the bedMethyl is:
1 3259525 3259526 m 8 + 3259525 3259526 255,0,0 8 50.00 4 2 2 04 0 0
valid_coverage = 8 (col 5 and 10)
count_methylated = 4 (col 12)
count_cannonical = 2 (col 13)
count_other_mod = 2 (col 14)
I am using modkit_v0.6.1_481e3c9
- Lingua principale
- Rust
- Stelle
- 274
- Fork
- 33
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Non abbiamo ancora controllato i file di configurazione di questo progetto. Parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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