`--sampling-frac` issues in v0.6.1
まだ誰も着手していません。
評価
- 難易度
- 4/5
- 見積もり時間
- 3〜5日
- 初心者へのやさしさ
- 38/100
- issue の種類
- バグ
- 明瞭さ
- おおむね明確
- 活発さ
- 静か
- 技術スタック
- rust
- 領域
- cli, performance
調査の方向性
Start at the modkit pileup CLI handling for --sampling-frac and --seed, then reproduce the supplied v0.6.1 command and observe the sampling stage. Done should include clear help and error text describing the dependency, along with a determined resolution or documented explanation for the reported stall.
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
As discussed, creating an issue to track observed behavior and changes.
Documentation Issue
The below error message lacks information about the link between --sampling-frac and --seed.
Expected Behavior
The error message and command-line help text should explicitly state the dependency between --seed and --sampling-frac. Specifically, the documentation should clarify that --seed is only valid when used in conjunction with --sampling-frac. If a user provides --seed without --sampling-frac, the error message should clearly explain this relationship rather than just stating that a required argument is missing.
error: the following required arguments were not provided:
--sampling-frac <SAMPLING_FRAC>
Usage: modkit pileup --reference <REFERENCE_FASTA> --sampling-frac <SAMPLING_FRAC> --modified-bases <MODIFIED_BASES>... --threads <THREADS> --seed <SEED> --mod-threshold <MOD_THRESHOLDS> <IN_BAM> <OUT_BED>
Using sampling fraction stalls the process
After an hour, confirming that the below did not work for v0.6.1, stalled at the sampling stage.
THREADS=8
"${MODKIT_PATH}" pileup \
--modified-bases C:m A:a A:17596 T:17802 \
--threads "${THREADS}" \
--reference "${REFERENCE_PATH}" \
--sampling-frac 0.0005 \
--seed 1234567 \
--mod-threshold "a:${MOD_THRESHOLD}" \
--mod-threshold "m:${MOD_THRESHOLD}" \
--mod-threshold "17802:${MOD_THRESHOLD}" \
--mod-threshold "17596:${MOD_THRESHOLD}" \
"${bam_sorted}" "${pile_file}"
> parsed user-input threshold 0.5 for mod-code 17596
> parsed user-input threshold 0.5 for mod-code 17802
> parsed user-input threshold 0.5 for mod-code a
> parsed user-input threshold 0.5 for mod-code m
> discarded 223943 contigs with zero aligned reads
> parsed 4 base modification(s). Base modifications other than 'A:17596,A:a,C:m,T:17802' will be counted as 'N_other'.
> adding single-base motif: 'A 0'
> adding single-base motif: 'C 0'
> adding single-base motif: 'T 0'
> sampling 0.05% of reads
^C
- 主要言語
- Rust
- スター
- 276
- フォーク
- 33
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
環境構築
このプロジェクトには開発コンテナ、Dockerfile、コントリビューションガイドがありません。まず README を読み、一般的な手順ははじめてのコントリビューションガイドを参照してください。
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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