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`--sampling-frac` issues in v0.6.1

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Valutazione

Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Idoneità per principianti
38/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Tranquilla
Stack tecnologico
rust
Ambito
cli, performance

Direzione di ricerca

Start at the modkit pileup CLI handling for --sampling-frac and --seed, then reproduce the supplied v0.6.1 command and observe the sampling stage. Done should include clear help and error text describing the dependency, along with a determined resolution or documented explanation for the reported stall.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

As discussed, creating an issue to track observed behavior and changes.

Documentation Issue

The below error message lacks information about the link between --sampling-frac and --seed.

Expected Behavior
The error message and command-line help text should explicitly state the dependency between --seed and --sampling-frac. Specifically, the documentation should clarify that --seed is only valid when used in conjunction with --sampling-frac. If a user provides --seed without --sampling-frac, the error message should clearly explain this relationship rather than just stating that a required argument is missing.

error: the following required arguments were not provided:
  --sampling-frac <SAMPLING_FRAC>

Usage: modkit pileup --reference <REFERENCE_FASTA> --sampling-frac <SAMPLING_FRAC> --modified-bases <MODIFIED_BASES>... --threads <THREADS> --seed <SEED> --mod-threshold <MOD_THRESHOLDS> <IN_BAM> <OUT_BED>
Using sampling fraction stalls the process

After an hour, confirming that the below did not work for v0.6.1, stalled at the sampling stage.

THREADS=8

            "${MODKIT_PATH}" pileup \
            --modified-bases C:m A:a A:17596 T:17802 \
                --threads "${THREADS}" \
                --reference "${REFERENCE_PATH}" \
                --sampling-frac 0.0005 \
                --seed 1234567 \
                --mod-threshold "a:${MOD_THRESHOLD}" \
                --mod-threshold "m:${MOD_THRESHOLD}" \
                --mod-threshold "17802:${MOD_THRESHOLD}" \
                --mod-threshold "17596:${MOD_THRESHOLD}" \
                "${bam_sorted}" "${pile_file}"

> parsed user-input threshold 0.5 for mod-code 17596
> parsed user-input threshold 0.5 for mod-code 17802
> parsed user-input threshold 0.5 for mod-code a
> parsed user-input threshold 0.5 for mod-code m
> discarded 223943 contigs with zero aligned reads
> parsed 4 base modification(s). Base modifications other than 'A:17596,A:a,C:m,T:17802' will be counted as 'N_other'.
> adding single-base motif: 'A 0'
> adding single-base motif: 'C 0'
> adding single-base motif: 'T 0'
> sampling 0.05% of reads
^C
Lingua principale
Rust
Stelle
276
Fork
33
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

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