How to extract one modification at a time- used to use --call-code parameter?
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評価
- 難易度
- 4/5
- 見積もり時間
- 3〜5日
- 初心者へのやさしさ
- 35/100
- issue の種類
- 機能追加
- 明瞭さ
- 説明が足りない
- 活発さ
- 停滞
- 技術スタック
- rust
- 領域
- bioinformatics, cli
調査の方向性
Start with the modkit extract calls entry point and compare current command options with the historical --call-code behavior across releases. Check whether the current command offers a supported way to extract one modification at a time and review the memory and output-size concerns described in the issue. Done means the requested workflow is either supported and documented or the requirements for restoring it are clearly established.
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Hey!!
I have an aligned bam from direct RNA sequencing, and it has multiple mods attached to it (m6A, 5mC, 5hmC, and pseudouridine).
Around 6 months ago we ran into this issue where when we would use modkit extract calls to extract multiple modification from RNA data, it would create an insanely large bam and/or crash out on memory and couldn't finish the process because it was using so much RAM (even after throttling with setting threads, queue-size, and interval-size). I solved this problem by using the --call-code parameter and doing one mod at a time, decreasing memory and size of our output files.
Now, I'm noticing --call-code is not even a parameter or option anymore in the latest versions of modkit. I can't seem to figure out 1) what older version I was using 6ish months ago and 2) what versions actually had that parameter as an option.
If I want to use modkit and extract one modification at a time, is there another way to do so rather than just doing a awk command after it is complete? Or, can you tell me what was the last version to use --call-code so I can pull a respective container with the right version?
Lastly, is this something you can add back in? Because at least for us it was extremely useful and our bams were so large we couldn't even get the process to work without doing one modification at a time. Thanks!
Hailey Z
- 主要言語
- Rust
- スター
- 276
- フォーク
- 33
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
環境構築
このプロジェクトには開発コンテナ、Dockerfile、コントリビューションガイドがありません。まず README を読み、一般的な手順ははじめてのコントリビューションガイドを参照してください。
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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