How to extract one modification at a time- used to use --call-code parameter?
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Valutazione
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Idoneità per principianti
- 35/100
- Tipo di issue
- Funzionalità
- Chiarezza
- Da chiarire
- Stato di attività
- Ferma
- Stack tecnologico
- rust
- Ambito
- bioinformatics, cli
Direzione di ricerca
Start with the modkit extract calls entry point and compare current command options with the historical --call-code behavior across releases. Check whether the current command offers a supported way to extract one modification at a time and review the memory and output-size concerns described in the issue. Done means the requested workflow is either supported and documented or the requirements for restoring it are clearly established.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Hey!!
I have an aligned bam from direct RNA sequencing, and it has multiple mods attached to it (m6A, 5mC, 5hmC, and pseudouridine).
Around 6 months ago we ran into this issue where when we would use modkit extract calls to extract multiple modification from RNA data, it would create an insanely large bam and/or crash out on memory and couldn't finish the process because it was using so much RAM (even after throttling with setting threads, queue-size, and interval-size). I solved this problem by using the --call-code parameter and doing one mod at a time, decreasing memory and size of our output files.
Now, I'm noticing --call-code is not even a parameter or option anymore in the latest versions of modkit. I can't seem to figure out 1) what older version I was using 6ish months ago and 2) what versions actually had that parameter as an option.
If I want to use modkit and extract one modification at a time, is there another way to do so rather than just doing a awk command after it is complete? Or, can you tell me what was the last version to use --call-code so I can pull a respective container with the right version?
Lastly, is this something you can add back in? Because at least for us it was extremely useful and our bams were so large we couldn't even get the process to work without doing one modification at a time. Thanks!
Hailey Z
- Lingua principale
- Rust
- Stelle
- 276
- Fork
- 33
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.
Come iniziare
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- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
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