CRAM Reference Path Issue in Nextflow Environments
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評価
調査の方向性
Start at the modkit pileup command and reproduce the CRAM reference-resolution failure using the command shown, a containerized environment, and a CRAM whose header points to an unavailable path. Investigate how --reference interacts with the embedded header reference; done when pileup can use the supplied reference and process such CRAMs successfully.
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Hi,
Thanks for creating modkit. However I am having an issue.
When running modkit pileup (v.0.6.1) with CRAM files in containerized environments (e.g., Nextflow/Singularity pipelines), modkit fails with the error Error! should be at least 1 contig because it cannot resolve the reference genome path embedded in the CRAM header. The --reference flag does not override the header reference path, causing failures even when a valid reference is provided.
What Happens:
- CRAM files contain embedded reference paths in their headers (e.g., pointing to original file locations)
- When modkit processes these CRAMs through Nextflow, even with --reference flag and REF_PATH/REF_CACHE environment variables set, it still attempts to use the reference path from the CRAM header
- If that header reference path doesn't exist in the container/work directory, modkit fails to read contigs
Error message: Error! should be at least 1 contig
I was able to resolve the issue by rewriting the reference path in the CRAM header before running modkit (e.g., updating the @SQ UR fields to point to a reference path accessible inside the container).
However, this becomes cumbersome when working with many samples in automated pipelines (e.g., Nextflow).
The modkit command I ran is:
modkit pileup \
sample_ID \
./output/ \
--reference genome_hg38.fa \
--modified-bases 5mC \
--phased \
--combine-strands --cpg \
--threads 12
This might also be an issue with HTSLIB or samtools, but I was wondering is there a way in modkit to:
Force the use of the reference specified with --reference, rr override/ignore the reference path embedded in the CRAM header?
If not, would this be something that could be supported in future releases?
Thank you in advance!
- 主要言語
- Rust
- スター
- 281
- フォーク
- 35
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
環境構築
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