Support multiple versions of target dandischema
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まだ誰も着手していません。
評価
調査の方向性
まず、dandi-cli と dandi-archive が現在どのように Python ライブラリ dandischema を再利用しているかを確認し、次に提案されている LinkML への移行と schema/releases 配下のエクスポート済みモデルを読みます。実装前に、バージョン選択の設計、互換性ルール、既存の Pydantic インターフェースの扱いを明確にしてください。完了条件は、dandi-cli がサーバーから要求された互換スキーマバージョンに対してメタデータを操作および検証できることです。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Inspired by
by @kabilar , and ongoing work on "vendorization" of DANDI archive codebase to support multiple instances of DANDI.
ATM both dandi-cli and dandi-archive re-use dandischema Python library for manipulating and validating metadata records. As a result, any upgrade of dandischema in server requires upgrade of dandischema in dandi-cli installation which also might require upgrade of dandi-cli itself.
With multiple archive instances in play (already DANDI and LINC and EMBER is coming), synchronizing all of them to align with most recent dandischema would be getting close to infeasible. So I think we should distill a solution which would allow dandi-cli to manipulate different/needed versions of dandischema.
Possible roadmap to achieve that
- migrate pydantic model to linkml (effort ongoing by @candleindark ) + potentially additional "instance specific" restrictions (TODO: link issues in dandi-schema)
- export linkml models into https://github.com/dandi/schema/tree/master/releases
- define
dandischema_schema_version-- as long as it is "compatible" in terms of its formulation withdandi-cli. In a similar situation in BIDS we haveBIDS_VERSIONand itsSCHEMA_VERSION, see https://github.com/bids-standard/bids-specification/tree/master/src/schema#version-of-the-schema - in
dandi-cliimplement loading of models fromlinkmlmodels for the version desired by the server:- as long as that
linkmlmodel is described in compatible version of schema (based on minimaldandischema_schema_versionsupported by dandi-cli) , we should be good - potentially extend the model with instance specific models where needed for validation (most likely the base model would be sufficient to describe)
- not yet sure what we should do for currently used pydantic models in Python interfaces, might need to populate classes for different versions. So issue similarish to what we discussed with @rly and other nwb developers about nwb versions.
- as long as that
Also attn @jwodder @satra @bendichter @dandi/dandiarchive to potentially also think about enhancement to above plan or just to suggest alternative approaches.
- 主要言語
- Python
- スター
- 29
- フォーク
- 37
- 平均マージ
- 1日 5時間
- マージ済み PR（30日）
- 20
環境構築
このプロジェクトには開発コンテナ、Dockerfile、コントリビューションガイドがありません。まず README を読み、一般的な手順ははじめてのコントリビューションガイドを参照してください。
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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