Support multiple versions of target dandischema
Los mantenedores suelen responder en 1 día
Nadie ha tomado este issue todavía.
Evaluación
- Dificultad
- 5/5
- Tiempo estimado
- Más de una semana
- Aptitud para principiantes
- 20/100
Línea de trabajo
Empieza revisando cómo dandi-cli y dandi-archive reutilizan actualmente la biblioteca Python dandischema y, después, lee la migración propuesta a LinkML y los modelos exportados en schema/releases. Antes de la implementación, aclara el diseño de selección de versiones, las reglas de compatibilidad y el tratamiento de las interfaces Pydantic existentes; se considera terminado cuando dandi-cli pueda manipular y validar metadatos conforme a la versión compatible del esquema solicitada por el servidor.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Inspired by
by @kabilar , and ongoing work on "vendorization" of DANDI archive codebase to support multiple instances of DANDI.
ATM both dandi-cli and dandi-archive re-use dandischema Python library for manipulating and validating metadata records. As a result, any upgrade of dandischema in server requires upgrade of dandischema in dandi-cli installation which also might require upgrade of dandi-cli itself.
With multiple archive instances in play (already DANDI and LINC and EMBER is coming), synchronizing all of them to align with most recent dandischema would be getting close to infeasible. So I think we should distill a solution which would allow dandi-cli to manipulate different/needed versions of dandischema.
Possible roadmap to achieve that
- migrate pydantic model to linkml (effort ongoing by @candleindark ) + potentially additional "instance specific" restrictions (TODO: link issues in dandi-schema)
- export linkml models into https://github.com/dandi/schema/tree/master/releases
- define
dandischema_schema_version-- as long as it is "compatible" in terms of its formulation withdandi-cli. In a similar situation in BIDS we haveBIDS_VERSIONand itsSCHEMA_VERSION, see https://github.com/bids-standard/bids-specification/tree/master/src/schema#version-of-the-schema - in
dandi-cliimplement loading of models fromlinkmlmodels for the version desired by the server:- as long as that
linkmlmodel is described in compatible version of schema (based on minimaldandischema_schema_versionsupported by dandi-cli) , we should be good - potentially extend the model with instance specific models where needed for validation (most likely the base model would be sufficient to describe)
- not yet sure what we should do for currently used pydantic models in Python interfaces, might need to populate classes for different versions. So issue similarish to what we discussed with @rly and other nwb developers about nwb versions.
- as long as that
Also attn @jwodder @satra @bendichter @dandi/dandiarchive to potentially also think about enhancement to above plan or just to suggest alternative approaches.
- Lenguaje dominante
- Python
- Estrellas
- 29
- Forks
- 37
- Merge medio
- 1 d 10 h
- PR fusionados (30 d)
- 17
Preparar el entorno
Este proyecto no incluye contenedor de desarrollo, Dockerfile ni guía de contribución, así que la configuración corre por tu cuenta: empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
Más de dandi/dandi-cli
-
pynwb metadata: get neurodata typesQuizá libre de nuevo Un pull request para esta issue se cerró sin fusionarse. Abierto
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 65/100
Los mantenedores suelen responder en 1 día
-
`metadata.nwb.get_metadata()` validates the whole BIDS dataset for every NWB file, then discards the resultPosiblemente ocupada @CodyCBakerPhD la tomó hace 7 días. AbiertoBIDS performance
dandi/dandi-cli#1962 · 1 comentario · 1 asignado ·
Los mantenedores suelen responder en 1 día
-
BIDS bug
Dificultad 3/5 Medio día Aptitud para principiantes 45/100
dandi/dandi-cli#1961 · 4 comentarios ·
Los mantenedores suelen responder en 1 día
-
Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100
dandi/dandi-cli#1920 · 2 comentarios ·
Los mantenedores suelen responder en 1 día
-
Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 64/100
Los mantenedores suelen responder en 1 día
Todos los issues de dandi/dandi-cli
Issues similares
-
Uninstall guide omits the CloudWatch log groups AWS CodeBuild creates for useCodeBuild pipelinesAbiertobug documentation
Dificultad 1/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 88/100
awslabs/visual-asset-management-system#552 ·
Los mantenedores suelen responder en 1 día
-
netbox status: needs triage type: documentation
Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 76/100
netbox-community/netbox#23460 ·
Los mantenedores suelen responder en 1 día
-
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 75/100
awslabs/threat-composer#362 ·
Los mantenedores suelen responder en 1 día
-
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 78/100
Los mantenedores suelen responder en 1 día
-
bug
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 72/100
ansys/pyansys-common-mcp#213 ·
Los mantenedores suelen responder en 3 días