Duplicate reactions added when library included in libraries and seed
まだ誰も着手していません。
評価
調査の方向性
input.py.txt から始め、提供されたコマンドを使って rmg.py を実行し、重複した BurkeH2O2inArHe 反応を再現します。seed 反応とライブラリ反応がどのように追加されるかを追跡し、その後、重複が防止されること、または seed とライブラリの無効な重複によって明確なエラーが発生することを示すカバレッジを追加します。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Bug Description
I'm getting some duplicate reactions when I run an input file that has BurkeH2O2inArHe listed as both a seed and a library.
O(5)+H2(13)<=>H(14)+OH(15) is supposed to appear twice but appears 4x. I think there may be two other MultiArrhenius reactions in this example that also get incorrectly duplicated.
! Reaction index: Chemkin #2; RMG #2
! Library reaction: BurkeH2O2inArHe
O(5)+H2(13)<=>H(14)+OH(15) 3.818000e+12 0.000 7.948
DUPLICATE
! Reaction index: Chemkin #3; RMG #2
! Library reaction: BurkeH2O2inArHe
O(5)+H2(13)<=>H(14)+OH(15) 8.792000e+14 0.000 19.170
DUPLICATE
...
! Reaction index: Chemkin #42; RMG #39
! Library reaction: BurkeH2O2inArHe
O(5)+H2(13)<=>H(14)+OH(15) 3.818000e+12 0.000 7.948
DUPLICATE
! Reaction index: Chemkin #43; RMG #39
! Library reaction: BurkeH2O2inArHe
O(5)+H2(13)<=>H(14)+OH(15) 8.792000e+14 0.000 19.170
DUPLICATE
chem_annotated.inp.txt
species_dictionary.txt
How To Reproduce
Here's the input file that causes the duplicates: input.py.txt
Try python ~/rmg/RMG-Py/rmg.py input.py -t=00:00:02:00 to run for 2 minutes and produce a relatively small example mechanism
Then to fix the error you can remove BurkeH2O2inArHe from the libraries but keep it in the seed.
Expected Behavior
I would expect RMG to catch any duplicates before adding them, or at least produce an error if you're not supposed to include something as both a library and a seed. Or maybe have louder documentation about not doing this.
Installation Information
Describe your installation method and system information.
- OS: Ubuntu 24.04.4 LTS
- Installation method: source
- RMG version information:
- RMG-Py: 99019681568b26514ca4ae3b2de4d2e6fcfcfbc8
- RMG-database: a956fac64a696b84b1183c617e07fc3c1b5ff6a6
- 主要言語
- Python
- スター
- 540
- フォーク
- 266
- 平均マージ
- 7日 19時間
- マージ済み PR（30日）
- 2
環境構築
- Dockerfile または Docker Compose ファイルあり
- プルリクエストのテンプレートあり
- コントリビューションガイドを読む
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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