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Duplicate reactions added when library included in libraries and seed

Chiusa
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#2,979 1 commento 0 reazioni 0 assegnatari Vedi su GitHub

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Valutazione

Difficoltà
3/5
Tempo stimato
1-2 giorni
Idoneità per principianti
67/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Attiva
Stack tecnologico
python
Ambito
backend

Direzione di ricerca

Inizia con input.py.txt ed esegui rmg.py usando il comando fornito per riprodurre le reazioni BurkeH2O2inArHe duplicate. Traccia il modo in cui vengono aggiunte le reazioni seed e di libreria, quindi aggiungi una coverage che dimostri che i duplicati vengono impediti oppure che una sovrapposizione non valida tra seed e libreria produca un errore chiaro.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

stale
Bug Description

I'm getting some duplicate reactions when I run an input file that has BurkeH2O2inArHe listed as both a seed and a library.

O(5)+H2(13)<=>H(14)+OH(15) is supposed to appear twice but appears 4x. I think there may be two other MultiArrhenius reactions in this example that also get incorrectly duplicated.

! Reaction index: Chemkin #2; RMG #2
! Library reaction: BurkeH2O2inArHe
O(5)+H2(13)<=>H(14)+OH(15)                          3.818000e+12 0.000     7.948
DUPLICATE
! Reaction index: Chemkin #3; RMG #2
! Library reaction: BurkeH2O2inArHe
O(5)+H2(13)<=>H(14)+OH(15)                          8.792000e+14 0.000     19.170
DUPLICATE

...

! Reaction index: Chemkin #42; RMG #39
! Library reaction: BurkeH2O2inArHe
O(5)+H2(13)<=>H(14)+OH(15)                          3.818000e+12 0.000     7.948
DUPLICATE
! Reaction index: Chemkin #43; RMG #39
! Library reaction: BurkeH2O2inArHe
O(5)+H2(13)<=>H(14)+OH(15)                          8.792000e+14 0.000     19.170
DUPLICATE

chem_annotated.inp.txt
species_dictionary.txt

How To Reproduce

Here's the input file that causes the duplicates: input.py.txt

Try python ~/rmg/RMG-Py/rmg.py input.py -t=00:00:02:00 to run for 2 minutes and produce a relatively small example mechanism

Then to fix the error you can remove BurkeH2O2inArHe from the libraries but keep it in the seed.

Expected Behavior

I would expect RMG to catch any duplicates before adding them, or at least produce an error if you're not supposed to include something as both a library and a seed. Or maybe have louder documentation about not doing this.

Installation Information

Describe your installation method and system information.

  • OS: Ubuntu 24.04.4 LTS
  • Installation method: source
  • RMG version information:
    • RMG-Py: 99019681568b26514ca4ae3b2de4d2e6fcfcfbc8
    • RMG-database: a956fac64a696b84b1183c617e07fc3c1b5ff6a6
Lingua principale
Python
Stelle
540
Fork
266
Merge medio
7g 19h
PR unite (30g)
2

Preparare l'ambiente

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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