Advise on HPC conda environments consuming home directory quota
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評価
- 難易度
- 2/5
- 見積もり時間
- 1〜3時間
- 初心者へのやさしさ
- 42/100
- issue の種類
- ドキュメント
- 明瞭さ
- おおむね明確
- 活発さ
- 停滞
- 技術スタック
- anaconda
- 領域
- documentation, hpc
調査の方向性
issue でリンクされている Virtual Environments の Conda セクションから始め、リポジトリの既存のドキュメント構成を確認してください。一般的なクォータに関するガイダンスと、コピーして使える汎用的な .condarc テンプレートを追加し、内部の Imageomics wiki で実際のパスを文書化すべきかどうかを明確にしてください。両方の対象者に適切な手順が用意されていれば完了です。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
It's been a repeated occurrence that conda environments, which default to living in a user's home directory, causes the user's quota to exceed the file count limit on OSC.
To fix this, conda can be configured to store environments and packages in a custom location, scratch storage being an appropriate option I use and have recommended. E.g., in a ~/.condarc file:
solver: libmamba
envs_dirs:
- /fs/scratch/PAS2136/$USER/conda-envs
pkgs_dirs:
- /fs/scratch/PAS2136/$USER/conda-pkgs
channels:
- conda-forge
- defaults
Would it make sense to do the following:
- Add a general discussion of this issue under the Conda section of Virtual Environments
- Provide a generic
.condarctemplate that can be copied using/path/to/desired/user/conda-envsand/path/to/desired/user/conda-pkgs
Should an entry be made into the internal guidelines wiki for Imageomics using the actual paths?
- 主要言語
- Python
- スター
- 6
- フォーク
- 0
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
環境構築
- Dockerfile・Docker Compose ファイルなし
- プルリクエストのテンプレートなし
- コントリビューションガイドを読む
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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