Advise on HPC conda environments consuming home directory quota
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Valutazione
- Difficoltà
- 2/5
- Tempo stimato
- 1-3 ore
- Idoneità per principianti
- 42/100
- Tipo di issue
- Documentazione
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Stato di attività
- Ferma
- Stack tecnologico
- anaconda
- Ambito
- documentation, hpc
Direzione di ricerca
Inizia dalla sezione Conda di Virtual Environments collegata nell’issue e verifica la struttura della documentazione esistente del repository. Aggiungi le indicazioni generali sulle quote e un modello generico di .condarc copiabile, poi chiarisci se il wiki interno di Imageomics debba documentare i percorsi effettivi; il lavoro è concluso quando entrambi i destinatari dispongono di istruzioni appropriate.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
It's been a repeated occurrence that conda environments, which default to living in a user's home directory, causes the user's quota to exceed the file count limit on OSC.
To fix this, conda can be configured to store environments and packages in a custom location, scratch storage being an appropriate option I use and have recommended. E.g., in a ~/.condarc file:
solver: libmamba
envs_dirs:
- /fs/scratch/PAS2136/$USER/conda-envs
pkgs_dirs:
- /fs/scratch/PAS2136/$USER/conda-pkgs
channels:
- conda-forge
- defaults
Would it make sense to do the following:
- Add a general discussion of this issue under the Conda section of Virtual Environments
- Provide a generic
.condarctemplate that can be copied using/path/to/desired/user/conda-envsand/path/to/desired/user/conda-pkgs
Should an entry be made into the internal guidelines wiki for Imageomics using the actual paths?
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 6
- Fork
- 0
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
- Nessun Dockerfile né file Docker Compose
- Nessun modello di pull request
- Leggi la guida per i contributori
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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