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Duke-GCB

索引済みのリポジトリ 26 件 · GitHub で見る

calrissian
CWL on Kubernetes

Python · スター 54 個
GCB-Dockerfiles
Docker images for bioinformatic workflows that are built on Docker Hub under the DukeGCB organization.

Python · スター 7 個
DukeDSClient
Command line program to allow uploading, downloading, and managing projects in the duke-data-service.

Python · スター 5 個
MMAP-Docker
Docker images for containerizing MMAP

Shell · スター 2 個
bespin-ui
An ember.js application frontend for bespin-api

JavaScript · スター 2 個
ansible-hackday
References and materials for GCB Informatics Ansible Hackday 2015-05-07

スター 1 個
SlurmFixer
Find and fix bad jobs in a slurm cluster

Python · スター 1 個
bespin
Reproducible genomic workflows in the cloud

スター 1 個
drf-ember-frontend
Ember Addon to connect to Django REST Framework

JavaScript · スター 1 個
igsp_web_cookie
Daemon and Command-line tools for the IgspNet Authentication system.

C++ · スター 0 個
docker-wrapper
Wrapper scripts for docker volume access

Python · スター 0 個
svr-track-hub
Make+Docker to build a UCSCGB Track Hub

Makefile · スター 0 個
drupal-security-check

Python · スター 0 個
TrackHubGenerator
Python and Make tools for generating UCSC Track Hubs

Python · スター 0 個
datadelivery-cli
Command line program to deliver s3 buckets to other users via D4S2

Python · スター 0 個
bespin-cli
Command line client for Bespin

Python · スター 0 個
lando
Lando's not a man, he's a system

Python · スター 0 個
lando-util
Utilities used by lando related to running a workflow

Python · スター 0 個
bespin-api
Web application for running workflows in the cloud

Python · スター 0 個
gcb-ansible-roles
Ansible roles used by GCB Ansible Playbooks

Jinja · スター 0 個
ほか 6 件のリポジトリは GitHub で見るにあります

初心者向けすべて

オープンすべて

Got workflow error: "too old resource version: 986858921 (987192637)" オープン

Duke-GCB/calrissian#217 · コメント 3 件 · リアクション 1 件 · 担当者 2 名 · 2026年1月21日に作成
Calrissian fails GPU jobs when GPU nodes are provisioned on demand by the Kubernetes cluster autoscaler. オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

Duke-GCB/calrissian#216 · 2026年1月20日に作成
Container entrypoint - fix CWL conformance test docker-run-cmd.cwl supporting containers with entrypoint set オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 52/100

Duke-GCB/calrissian#207 · 2025年9月1日に作成
Feature Request: Add Toleration for GPU Nodes with NoSchedule Taint オープン

enhancement

Duke-GCB/calrissian#198 · コメント 7 件 · リアクション 2 件 · 担当者 1 名 · 2025年7月7日に作成
Issue in calculation of elapsed_hours in the usage reports オープン

bug

Duke-GCB/calrissian#197 · コメント 2 件 · 担当者 1 名 · 2025年7月4日に作成
Allow setting the calrissian spawed pod priorityClassName オープン

enhancement

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 55/100

Duke-GCB/calrissian#196 · 2025年6月20日に作成
Add support for pod env from secret オープン

enhancement

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 48/100

Duke-GCB/calrissian#195 · 2025年6月20日に作成
Add support for pod env from configmap オープン

enhancement

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 45/100

Duke-GCB/calrissian#194 · 2025年6月20日に作成
Use an ExpressionTool in a workflow オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

Duke-GCB/calrissian#193 · 2025年6月16日に作成
NetworkAccess.networkAccess.false is not enforced オープン

enhancement

Duke-GCB/calrissian#181 · コメント 1 件 · 担当者 1 名 · 2024年12月11日に作成
--tmp-outdir-prefix /calrissian/tmp and /calrissian/tmp/ behave differently オープン

bug

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 45/100

Duke-GCB/calrissian#171 · 2024年7月5日に作成
http://commonwl.org/cwltool#CUDARequirement.cudaVersionMin is not supported オープン

Duke-GCB/calrissian#167 · 担当者 1 名 · 2024年5月2日に作成
Allow requesting RO-Crate provenance (next cwltool release) オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 35/100

Duke-GCB/calrissian#166 · コメント 7 件 · リアクション 1 件 · 2024年1月13日に作成
Feedback for CWL v1.2.1 requested オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 25/100

Duke-GCB/calrissian#157 · コメント 5 件 · 2023年8月16日に作成
Allow setting the container when the pod has more than one container オープン

bug

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 42/100

Duke-GCB/calrissian#149 · コメント 2 件 · 2023年5月17日に作成
ToolTimeLimit オープン

enhancement

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

Duke-GCB/calrissian#147 · 2023年4月12日に作成
secrets extension not supported in EnvVarRequirement オープン

enhancement

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

Duke-GCB/calrissian#145 · 2023年3月28日に作成
Align pod requests and limits with CWL ResourceRequirements オープン

enhancement

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 45/100

Duke-GCB/calrissian#144 · リアクション 1 件 · 2023年3月22日に作成
CircleCI environment not up to date オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

Duke-GCB/GCB-Dockerfiles#57 · 2023年3月16日に作成
Directly Authenticate with D4S2 オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

Duke-GCB/DukeDSClient#349 · 2022年10月7日に作成
Fix production build failing オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 28/100

Duke-GCB/datadelivery-ui#109 · 2022年9月6日に作成
Add request argument to authenticate methods オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 45/100

Duke-GCB/gcb-web-auth#52 · 2022年4月26日に作成
Azure: Reduce manual configuration オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

Duke-GCB/DukeDSClient#348 · 2022年3月14日に作成
Azure: Provide options to control login オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

Duke-GCB/DukeDSClient#347 · 2022年3月11日に作成
Remove need to login with azcopy オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

Duke-GCB/DukeDSClient#346 · コメント 1 件 · 2022年3月11日に作成
Determine best method for Azure authentication オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

Duke-GCB/DukeDSClient#344 · 2022年2月17日に作成
Improve create delivery error messages オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

Duke-GCB/D4S2#265 · 2022年2月2日に作成
Fix 400 error when running check command オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 45/100

Duke-GCB/DukeDSClient#340 · 2022年1月24日に作成
Add online documentation of commands オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

Duke-GCB/DukeDSClient#338 · コメント 1 件 · 2022年1月11日に作成
Fix authentication in the latest release オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

Duke-GCB/D4S2#262 · コメント 1 件 · 2021年11月5日に作成
Fix TypeError when logging in with the latest release オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

Duke-GCB/D4S2#261 · コメント 1 件 · 2021年11月3日に作成
Allow resending post acceptance emails オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 45/100

Duke-GCB/D4S2#258 · 2021年10月25日に作成
contributing support for running calrissian on AKS (Azure), EKS (AWS) and GKE (Google) オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 20/100

Duke-GCB/calrissian#124 · コメント 3 件 · 2021年10月14日に作成
How to cite Calrissian? オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 25/100

Duke-GCB/calrissian#122 · コメント 4 件 · 2021年10月11日に作成
Add support for Azure Deliveries オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 25/100

Duke-GCB/datadelivery-ui#94 · 2021年9月28日に作成
Add support for Azure Projects オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

Duke-GCB/datadelivery-ui#93 · 2021年9月28日に作成
Handle DDS API Sunset オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

Duke-GCB/D4S2#256 · 2021年9月28日に作成
Add support for Azure config options オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 10/100

Duke-GCB/DukeDSClient#335 · 2021年9月28日に作成
Add support for Azure Deliveries オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

Duke-GCB/D4S2#255 · 2021年9月28日に作成
Add support for downloading zipped Azure backed projects オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

Duke-GCB/D4S2#254 · 2021年9月28日に作成
Add API support for listing Azure projects オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

Duke-GCB/D4S2#253 · 2021年9月28日に作成
Add API Endpoint to change project permissions オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

Duke-GCB/D4S2#252 · 2021年9月28日に作成
Add API support to deliver Azure backed projects オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

Duke-GCB/D4S2#251 · 2021年9月28日に作成
Understanding the architecture and questions on user space オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 15/100

Duke-GCB/calrissian#118 · コメント 1 件 · 2021年6月22日に作成
Connection reset by peer error オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 25/100

Duke-GCB/DukeDSClient#330 · コメント 9 件 · 2021年6月21日に作成
Fix deployment failure オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 25/100

Duke-GCB/DukeDSClient#329 · コメント 1 件 · 2021年5月18日に作成
Include support email address in messaging オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 48/100

Duke-GCB/DukeDSClient#327 · 2021年4月12日に作成
Add upload/download worker command line argument オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 55/100

Duke-GCB/DukeDSClient#326 · 2021年4月12日に作成
Generate predictions stuck in queued state オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 25/100

Duke-GCB/iMADS#167 · 2021年4月5日に作成
CI should test with the latest python オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 62/100

Duke-GCB/DukeDSClient#323 · 2021年2月22日に作成

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