Propietario

Duke-GCB

26 repositorios indexados · Ver en GitHub

calrissian
CWL on Kubernetes

Python · 54 estrellas
GCB-Dockerfiles
Docker images for bioinformatic workflows that are built on Docker Hub under the DukeGCB organization.

Python · 7 estrellas
DukeDSClient
Command line program to allow uploading, downloading, and managing projects in the duke-data-service.

Python · 5 estrellas
MMAP-Docker
Docker images for containerizing MMAP

Shell · 2 estrellas
bespin-ui
An ember.js application frontend for bespin-api

JavaScript · 2 estrellas
ansible-hackday
References and materials for GCB Informatics Ansible Hackday 2015-05-07

1 estrella
SlurmFixer
Find and fix bad jobs in a slurm cluster

Python · 1 estrella
bespin
Reproducible genomic workflows in the cloud

1 estrella
drf-ember-frontend
Ember Addon to connect to Django REST Framework

JavaScript · 1 estrella
igsp_web_cookie
Daemon and Command-line tools for the IgspNet Authentication system.

C++ · 0 estrellas
docker-wrapper
Wrapper scripts for docker volume access

Python · 0 estrellas
svr-track-hub
Make+Docker to build a UCSCGB Track Hub

Makefile · 0 estrellas
drupal-security-check

Python · 0 estrellas
TrackHubGenerator
Python and Make tools for generating UCSC Track Hubs

Python · 0 estrellas
datadelivery-cli
Command line program to deliver s3 buckets to other users via D4S2

Python · 0 estrellas
bespin-cli
Command line client for Bespin

Python · 0 estrellas
lando
Lando's not a man, he's a system

Python · 0 estrellas
lando-util
Utilities used by lando related to running a workflow

Python · 0 estrellas
bespin-api
Web application for running workflows in the cloud

Python · 0 estrellas
gcb-ansible-roles
Ansible roles used by GCB Ansible Playbooks

Jinja · 0 estrellas
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Para principiantes Todo

Abierto Todos

Got workflow error: "too old resource version: 986858921 (987192637)" Abierto

Duke-GCB/calrissian#217 · 3 comentarios · 1 reacción · 2 asignados · Abierto el 21/1/2026
Calrissian fails GPU jobs when GPU nodes are provisioned on demand by the Kubernetes cluster autoscaler. Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

Duke-GCB/calrissian#216 · Abierto el 20/1/2026
Container entrypoint - fix CWL conformance test docker-run-cmd.cwl supporting containers with entrypoint set Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 52/100

Duke-GCB/calrissian#207 · Abierto el 1/9/2025
Feature Request: Add Toleration for GPU Nodes with NoSchedule Taint Abierto

enhancement

Duke-GCB/calrissian#198 · 7 comentarios · 2 reacciones · 1 asignado · Abierto el 7/7/2025
Issue in calculation of elapsed_hours in the usage reports Abierto

bug

Duke-GCB/calrissian#197 · 2 comentarios · 1 asignado · Abierto el 4/7/2025
Allow setting the calrissian spawed pod priorityClassName Abierto

enhancement

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 55/100

Duke-GCB/calrissian#196 · Abierto el 20/6/2025
Add support for pod env from secret Abierto

enhancement

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 48/100

Duke-GCB/calrissian#195 · Abierto el 20/6/2025
Add support for pod env from configmap Abierto

enhancement

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

Duke-GCB/calrissian#194 · Abierto el 20/6/2025
Use an ExpressionTool in a workflow Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

Duke-GCB/calrissian#193 · Abierto el 16/6/2025
NetworkAccess.networkAccess.false is not enforced Abierto

enhancement

Duke-GCB/calrissian#181 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 11/12/2024
--tmp-outdir-prefix /calrissian/tmp and /calrissian/tmp/ behave differently Abierto

bug

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

Duke-GCB/calrissian#171 · Abierto el 5/7/2024
http://commonwl.org/cwltool#CUDARequirement.cudaVersionMin is not supported Abierto

Duke-GCB/calrissian#167 · 1 asignado · Abierto el 2/5/2024
Allow requesting RO-Crate provenance (next cwltool release) Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 35/100

Duke-GCB/calrissian#166 · 7 comentarios · 1 reacción · Abierto el 13/1/2024
Feedback for CWL v1.2.1 requested Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100

Duke-GCB/calrissian#157 · 5 comentarios · Abierto el 16/8/2023
Allow setting the container when the pod has more than one container Abierto

bug

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 42/100

Duke-GCB/calrissian#149 · 2 comentarios · Abierto el 17/5/2023
ToolTimeLimit Abierto

enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

Duke-GCB/calrissian#147 · Abierto el 12/4/2023
secrets extension not supported in EnvVarRequirement Abierto

enhancement

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

Duke-GCB/calrissian#145 · Abierto el 28/3/2023
Align pod requests and limits with CWL ResourceRequirements Abierto

enhancement

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

Duke-GCB/calrissian#144 · 1 reacción · Abierto el 22/3/2023
CircleCI environment not up to date Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

Duke-GCB/GCB-Dockerfiles#57 · Abierto el 16/3/2023
Directly Authenticate with D4S2 Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

Duke-GCB/DukeDSClient#349 · Abierto el 7/10/2022
Fix production build failing Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 28/100

Duke-GCB/datadelivery-ui#109 · Abierto el 6/9/2022
Add request argument to authenticate methods Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 45/100

Duke-GCB/gcb-web-auth#52 · Abierto el 26/4/2022
Azure: Reduce manual configuration Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

Duke-GCB/DukeDSClient#348 · Abierto el 14/3/2022
Azure: Provide options to control login Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

Duke-GCB/DukeDSClient#347 · Abierto el 11/3/2022
Remove need to login with azcopy Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

Duke-GCB/DukeDSClient#346 · 1 comentario · Abierto el 11/3/2022
Determine best method for Azure authentication Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

Duke-GCB/DukeDSClient#344 · Abierto el 17/2/2022
Improve create delivery error messages Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

Duke-GCB/D4S2#265 · Abierto el 2/2/2022
Fix 400 error when running check command Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

Duke-GCB/DukeDSClient#340 · Abierto el 24/1/2022
Add online documentation of commands Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

Duke-GCB/DukeDSClient#338 · 1 comentario · Abierto el 11/1/2022
Fix authentication in the latest release Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

Duke-GCB/D4S2#262 · 1 comentario · Abierto el 5/11/2021
Fix TypeError when logging in with the latest release Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

Duke-GCB/D4S2#261 · 1 comentario · Abierto el 3/11/2021
Allow resending post acceptance emails Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

Duke-GCB/D4S2#258 · Abierto el 25/10/2021
contributing support for running calrissian on AKS (Azure), EKS (AWS) and GKE (Google) Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

Duke-GCB/calrissian#124 · 3 comentarios · Abierto el 14/10/2021
How to cite Calrissian? Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 25/100

Duke-GCB/calrissian#122 · 4 comentarios · Abierto el 11/10/2021
Add support for Azure Deliveries Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

Duke-GCB/datadelivery-ui#94 · Abierto el 28/9/2021
Add support for Azure Projects Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

Duke-GCB/datadelivery-ui#93 · Abierto el 28/9/2021
Handle DDS API Sunset Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

Duke-GCB/D4S2#256 · Abierto el 28/9/2021
Add support for Azure config options Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 10/100

Duke-GCB/DukeDSClient#335 · Abierto el 28/9/2021
Add support for Azure Deliveries Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

Duke-GCB/D4S2#255 · Abierto el 28/9/2021
Add support for downloading zipped Azure backed projects Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

Duke-GCB/D4S2#254 · Abierto el 28/9/2021
Add API support for listing Azure projects Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

Duke-GCB/D4S2#253 · Abierto el 28/9/2021
Add API Endpoint to change project permissions Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

Duke-GCB/D4S2#252 · Abierto el 28/9/2021
Add API support to deliver Azure backed projects Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

Duke-GCB/D4S2#251 · Abierto el 28/9/2021
Understanding the architecture and questions on user space Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 15/100

Duke-GCB/calrissian#118 · 1 comentario · Abierto el 22/6/2021
Connection reset by peer error Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

Duke-GCB/DukeDSClient#330 · 9 comentarios · Abierto el 21/6/2021
Fix deployment failure Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

Duke-GCB/DukeDSClient#329 · 1 comentario · Abierto el 18/5/2021
Include support email address in messaging Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 48/100

Duke-GCB/DukeDSClient#327 · Abierto el 12/4/2021
Add upload/download worker command line argument Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 55/100

Duke-GCB/DukeDSClient#326 · Abierto el 12/4/2021
Generate predictions stuck in queued state Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

Duke-GCB/iMADS#167 · Abierto el 5/4/2021
CI should test with the latest python Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 62/100

Duke-GCB/DukeDSClient#323 · Abierto el 22/2/2021

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