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BrainLesion

索引済みのリポジトリ 10 件 · GitHub で見る

BraTS
Providing top-performing algorithms from the Brain Tumor Segmentation (BraTS) challenges.

Python · スター 85 個
preprocessing
preprocessing tools for multi-modal 3D brain imaging

C · スター 39 個
panoptica
panoptica -- instance-wise evaluation of 3D semantic and instance segmentation maps

Python · スター 34 個
tutorials
BrainLes tutotrials

Jupyter Notebook · スター 11 個
AURORA
Segmentation models for cancer metastasis in brain MR

Python · スター 11 個
GlioMODA
multi-modal MRI BraTS glioma segmentation for various sequence combinations

Python · スター 9 個
PeTu
pediatric brain tumor segmentation models

Python · スター 6 個
modsort
manual sorting GUI for identifying multi-modal MR sequences

Vue · スター 5 個
stroke_segmentor
stroke segmentation in MRI data

Python · スター 4 個
auxiliary
helpful functions for handling biomedical-imaging data in DICOM or NIfTI format

Python · スター 2 個

初心者向けすべて

オープンすべて

[BUG] ANTsRegistrator resamples MRI modalities with nearest-neighbor interpolation by default オープン

bug

BrainLesion/preprocessing#192 · コメント 4 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月17日に作成
[BUG] Hardcoded subject ID causes AdultGliomaPreAndPostSegmenter with the 2025 winning algorithm to default to postop オープン

bug

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 68/100

BrainLesion/BraTS#180 · 2026年9月17日に作成
[BUG] HTTP error responses from Zenodo bypass the "use local copy" fallback オープン

bug

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

BrainLesion/preprocessing#190 · 2026年9月7日に作成
[BUG] cannot import ANTSRegistrator オープン

bug

BrainLesion/preprocessing#188 · リアクション 1 件 · 担当者 2 名 · 2026年8月13日に作成
Fix MissingMRI output errors, preserve Loguru handlers, and clarify preprocessing dispatch オープン

bug

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 55/100

BrainLesion/BraTS#163 · 2026年8月8日に作成
Decouple Docker/Singularity backend infrastructure オープン

enhancement

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 55/100

BrainLesion/BraTS#162 · 2026年8月8日に作成
[FEATURE] BraTS 2026 segmentation algorithms オープン

enhancement

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

BrainLesion/BraTS#156 · 2026年8月8日に作成
[FEATURE] BraTS 2026 inpainting algorithms オープン

enhancement

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

BrainLesion/BraTS#155 · 2026年8月8日に作成
[FEATURE] singularity -> apptainer migration オープン

enhancement

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 58/100

BrainLesion/BraTS#153 · 2026年8月6日に作成
Make repository agent-ready オープン

BrainLesion/BraTS#152 · 担当者 1 名 · 2026年8月5日に作成
[FEATURE] Reproducibility オープン

enhancement

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 30/100

BrainLesion/panoptica#294 · コメント 5 件 · リアクション 1 件 · 2026年8月3日に作成
[FEATURE] computation time and RAM monitoring オープン

enhancement

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

BrainLesion/preprocessing#185 · 2026年8月3日に作成
[FEATURE] unifying naming/naming convention of metrics オープン

enhancement

BrainLesion/panoptica#289 · 担当者 2 名 · 2026年7月20日に作成
[FEATURE] PanopticaStatistic object can derive ranges like quantiles based on group and metric オープン

enhancement

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 55/100

BrainLesion/panoptica#286 · 2026年7月8日に作成
[BUG] Error 400 when trying to download the weights オープン

bug

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 62/100

BrainLesion/GlioMODA#17 · コメント 1 件 · リアクション 1 件 · 2026年6月21日に作成
[FEATURE] Report predicted instances オープン

enhancement

BrainLesion/panoptica#267 · 担当者 1 名 · 2026年5月28日に作成
[FEATURE] Swap module-level locks for an OS-level file lock オープン

enhancement

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 48/100

BrainLesion/panoptica#261 · リアクション 1 件 · 2026年5月21日に作成
[FEATURE] PermRanker オープン

enhancement

BrainLesion/BraTS#141 · コメント 1 件 · 担当者 1 名 · 2026年4月22日に作成
REFACTOR PLAN オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 20/100

BrainLesion/panoptica#248 · コメント 1 件 · リアクション 1 件 · 2026年4月15日に作成
[BUG] Cannot specify non-default interpolator for ANTsRegistrator オープン

bug

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 58/100

BrainLesion/preprocessing#177 · コメント 3 件 · 2026年3月25日に作成
[FEATURE] Cite final Paper オープン

enhancement

難易度 1/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 68/100

BrainLesion/GlioMODA#16 · 2026年3月20日に作成
[FEATURE] Add the solution from the BraTS-ISBI GoAT 2024 オープン

enhancement

BrainLesion/BraTS#135 · コメント 6 件 · 担当者 1 名 · 2026年2月9日に作成
[FEATURE] modality-specific minima definitions for BET and defacing オープン

enhancement

BrainLesion/preprocessing#174 · コメント 1 件 · 担当者 1 名 · 2026年1月29日に作成
[BUG] Zenodo api error response not saved nor displayed オープン

bug

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 68/100

BrainLesion/preprocessing#169 · コメント 7 件 · 2026年1月23日に作成
[BUG] Zenodo.py needs to be updated オープン

bug

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

BrainLesion/PeTu#24 · コメント 1 件 · 2026年1月16日に作成
[BUG] Potential wrong edge_mask calculation and out-of-range indexing issues with QuickShear defacing オープン

bug

BrainLesion/preprocessing#167 · コメント 6 件 · 担当者 1 名 · 2026年1月10日に作成
[FEATURE] citation reminder オープン

enhancement

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 45/100

BrainLesion/auxiliary#45 · 2025年11月29日に作成
[FEATURE] class MaxBipartiteMatching(InstanceMatchingAlgorithm) cannot handle many-to-one オープン

enhancement

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

BrainLesion/panoptica#236 · 2025年11月13日に作成
[FEATURE] document data requirements オープン

enhancement

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

BrainLesion/AURORA#57 · 2025年11月5日に作成
[QUESTION] Preprocessing pediatric brain data オープン

question

BrainLesion/PeTu#21 · コメント 2 件 · 担当者 1 名 · 2025年11月5日に作成
[BUG] preprocessing tutorials are outdated オープン

bug

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

BrainLesion/tutorials#75 · 2025年10月21日に作成
Adding tutorials to MAIA Workspace オープン

question

BrainLesion/tutorials#74 · コメント 1 件 · 担当者 1 名 · 2025年10月17日に作成
[FEATURE] cupy-based CCA オープン

enhancement

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 15/100

BrainLesion/panoptica#232 · 2025年9月25日に作成
[FEATURE] integrate segmentation baselines from mehdi and Zhifan オープン

enhancement

BrainLesion/BraTS#116 · 担当者 1 名 · 2025年9月24日に作成
[FEATURE] documentation of challenge-specific preprocessing requirements オープン

documentation enhancement

BrainLesion/BraTS#115 · コメント 5 件 · 担当者 1 名 · 2025年9月23日に作成
[FEATURE] Kubernetes support オープン

enhancement

BrainLesion/BraTS#113 · 担当者 1 名 · 2025年9月23日に作成
[FEATURE] stroke segmentation needs to be integrated into the BrainLes paper オープン

enhancement

BrainLesion/stroke_segmentor#3 · コメント 4 件 · 担当者 1 名 · 2025年8月23日に作成
[FEATURE] Expanding visual unit tests オープン

enhancement

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 42/100

BrainLesion/panoptica#226 · 2025年8月20日に作成
[FEATURE] Robust and Reliable Ranking オープン

enhancement

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

BrainLesion/panoptica#224 · コメント 2 件 · 2025年7月23日に作成
[FEATURE] consider enabling n4 corrected and "raw" outputs in one pass オープン

enhancement

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

BrainLesion/preprocessing#147 · 2025年7月17日に作成
[FEATURE] (MNI) atlas based defacing and BET オープン

enhancement

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

BrainLesion/preprocessing#146 · 2025年7月17日に作成
[FEATURE] evaluate config file inputs with typechecking - consider YML config files for preprocessing オープン

enhancement

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 20/100

BrainLesion/preprocessing#145 · 2025年7月17日に作成
[DISCUSSION] How to setup `set_to_binary` in label groups. オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 38/100

BrainLesion/panoptica#219 · 2025年6月17日に作成
[BUG] Currently breaking on Colab because of a potential colab issue: `ModuleNotFoundError: No module named 'numpy.strings'` オープン

bug wontfix

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 25/100

BrainLesion/panoptica#211 · コメント 1 件 · 2025年6月5日に作成
[BUG] Modsort x86 Linux only runs from terminal with --no-sandbox add-on, does not open with double click オープン

bug

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 25/100

BrainLesion/modsort#12 · コメント 2 件 · 2025年5月4日に作成
[FEATURE] Easy to use tutorial for multiple classes オープン

documentation enhancement tutorial

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

BrainLesion/panoptica#195 · コメント 6 件 · 2025年4月23日に作成
[FEATURE] more sophisticated unit tests also covering edge cases オープン

enhancement

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 25/100

BrainLesion/panoptica#191 · 2025年4月16日に作成
[FEATURE] Make cuda/gpu optional オープン

enhancement

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

BrainLesion/preprocessing#117 · コメント 1 件 · 2025年3月23日に作成
[FEATURE] evaluate reorient オープン

enhancement

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

BrainLesion/preprocessing#110 · コメント 2 件 · 2025年3月18日に作成
[FEATURE] Metric system Overhaul オープン

enhancement metric

BrainLesion/panoptica#181 · 担当者 1 名 · 2025年2月18日に作成

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