Propietario

BrainLesion

10 repositorios indexados · Ver en GitHub

BraTS
Providing top-performing algorithms from the Brain Tumor Segmentation (BraTS) challenges.

Python · 85 estrellas
preprocessing
preprocessing tools for multi-modal 3D brain imaging

C · 39 estrellas
panoptica
panoptica -- instance-wise evaluation of 3D semantic and instance segmentation maps

Python · 34 estrellas
tutorials
BrainLes tutotrials

Jupyter Notebook · 11 estrellas
AURORA
Segmentation models for cancer metastasis in brain MR

Python · 11 estrellas
GlioMODA
multi-modal MRI BraTS glioma segmentation for various sequence combinations

Python · 9 estrellas
PeTu
pediatric brain tumor segmentation models

Python · 6 estrellas
modsort
manual sorting GUI for identifying multi-modal MR sequences

Vue · 5 estrellas
stroke_segmentor
stroke segmentation in MRI data

Python · 4 estrellas
auxiliary
helpful functions for handling biomedical-imaging data in DICOM or NIfTI format

Python · 2 estrellas

Para principiantes Todo

Abierto Todos

[BUG] Hardcoded subject ID causes AdultGliomaPreAndPostSegmenter with the 2025 winning algorithm to default to postop Abierto

bug

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 68/100

BrainLesion/BraTS#180 · Abierto el 17/9/2026
[BUG] HTTP error responses from Zenodo bypass the "use local copy" fallback Abierto

bug

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

BrainLesion/preprocessing#190 · Abierto el 7/9/2026
[BUG] cannot import ANTSRegistrator Abierto

bug

BrainLesion/preprocessing#188 · 1 reacción · 2 asignados · Abierto el 13/8/2026
Fix MissingMRI output errors, preserve Loguru handlers, and clarify preprocessing dispatch Abierto

bug

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 55/100

BrainLesion/BraTS#163 · Abierto el 8/8/2026
Decouple Docker/Singularity backend infrastructure Abierto

enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 55/100

BrainLesion/BraTS#162 · Abierto el 8/8/2026
[FEATURE] BraTS 2026 segmentation algorithms Abierto

enhancement

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

BrainLesion/BraTS#156 · Abierto el 8/8/2026
[FEATURE] BraTS 2026 inpainting algorithms Abierto

enhancement

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

BrainLesion/BraTS#155 · Abierto el 8/8/2026
[FEATURE] singularity -> apptainer migration Abierto

enhancement

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 58/100

BrainLesion/BraTS#153 · Abierto el 6/8/2026
Make repository agent-ready Abierto

BrainLesion/BraTS#152 · 1 asignado · Abierto el 5/8/2026
[FEATURE] Reproducibility Abierto

enhancement

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 30/100

BrainLesion/panoptica#294 · 5 comentarios · 1 reacción · Abierto el 3/8/2026
[FEATURE] computation time and RAM monitoring Abierto

enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

BrainLesion/preprocessing#185 · Abierto el 3/8/2026
[FEATURE] unifying naming/naming convention of metrics Abierto

enhancement

BrainLesion/panoptica#289 · 2 asignados · Abierto el 20/7/2026
[FEATURE] PanopticaStatistic object can derive ranges like quantiles based on group and metric Abierto

enhancement

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 55/100

BrainLesion/panoptica#286 · Abierto el 8/7/2026
[BUG] Error 400 when trying to download the weights Abierto

bug

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 62/100

BrainLesion/GlioMODA#17 · Abierto el 21/6/2026
[FEATURE] Report predicted instances Abierto

enhancement

BrainLesion/panoptica#267 · 1 asignado · Abierto el 28/5/2026
[FEATURE] Swap module-level locks for an OS-level file lock Abierto

enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

BrainLesion/panoptica#261 · 1 reacción · Abierto el 21/5/2026
[FEATURE] PermRanker Abierto

enhancement

BrainLesion/BraTS#141 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 22/4/2026
REFACTOR PLAN Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

BrainLesion/panoptica#248 · 1 comentario · 1 reacción · Abierto el 15/4/2026
[BUG] Cannot specify non-default interpolator for ANTsRegistrator Abierto

bug

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 58/100

BrainLesion/preprocessing#177 · 3 comentarios · Abierto el 25/3/2026
[FEATURE] Cite final Paper Abierto

enhancement

Dificultad 1/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 68/100

BrainLesion/GlioMODA#16 · Abierto el 20/3/2026
[FEATURE] Add the solution from the BraTS-ISBI GoAT 2024 Abierto

enhancement

BrainLesion/BraTS#135 · 6 comentarios · 1 asignado · Abierto el 9/2/2026
[FEATURE] modality-specific minima definitions for BET and defacing Abierto

enhancement

BrainLesion/preprocessing#174 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 29/1/2026
[BUG] Zenodo api error response not saved nor displayed Abierto

bug

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 68/100

BrainLesion/preprocessing#169 · 7 comentarios · Abierto el 23/1/2026
[BUG] Zenodo.py needs to be updated Abierto

bug

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

BrainLesion/PeTu#24 · 1 comentario · Abierto el 16/1/2026
[BUG] Potential wrong edge_mask calculation and out-of-range indexing issues with QuickShear defacing Abierto

bug

BrainLesion/preprocessing#167 · 6 comentarios · 1 asignado · Abierto el 10/1/2026
[FEATURE] citation reminder Abierto

enhancement

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 45/100

BrainLesion/auxiliary#45 · Abierto el 29/11/2025
[FEATURE] class MaxBipartiteMatching(InstanceMatchingAlgorithm) cannot handle many-to-one Abierto

enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

BrainLesion/panoptica#236 · Abierto el 13/11/2025
[FEATURE] document data requirements Abierto

enhancement

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

BrainLesion/AURORA#57 · Abierto el 5/11/2025
[QUESTION] Preprocessing pediatric brain data Abierto

question

BrainLesion/PeTu#21 · 2 comentarios · 1 asignado · Abierto el 5/11/2025
[BUG] preprocessing tutorials are outdated Abierto

bug

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

BrainLesion/tutorials#75 · Abierto el 21/10/2025
Adding tutorials to MAIA Workspace Abierto

question

BrainLesion/tutorials#74 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 17/10/2025
[FEATURE] cupy-based CCA Abierto

enhancement

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 15/100

BrainLesion/panoptica#232 · Abierto el 25/9/2025
[FEATURE] integrate segmentation baselines from mehdi and Zhifan Abierto

enhancement

BrainLesion/BraTS#116 · 1 asignado · Abierto el 24/9/2025
[FEATURE] documentation of challenge-specific preprocessing requirements Abierto

documentation enhancement

BrainLesion/BraTS#115 · 5 comentarios · 1 asignado · Abierto el 23/9/2025
[FEATURE] Kubernetes support Abierto

enhancement

BrainLesion/BraTS#113 · 1 asignado · Abierto el 23/9/2025
[FEATURE] stroke segmentation needs to be integrated into the BrainLes paper Abierto

enhancement

BrainLesion/stroke_segmentor#3 · 4 comentarios · 1 asignado · Abierto el 23/8/2025
[FEATURE] Expanding visual unit tests Abierto

enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 42/100

BrainLesion/panoptica#226 · Abierto el 20/8/2025
[FEATURE] Robust and Reliable Ranking Abierto

enhancement

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

BrainLesion/panoptica#224 · 2 comentarios · Abierto el 23/7/2025
[FEATURE] consider enabling n4 corrected and "raw" outputs in one pass Abierto

enhancement

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

BrainLesion/preprocessing#147 · Abierto el 17/7/2025
[FEATURE] (MNI) atlas based defacing and BET Abierto

enhancement

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

BrainLesion/preprocessing#146 · Abierto el 17/7/2025
[FEATURE] evaluate config file inputs with typechecking - consider YML config files for preprocessing Abierto

enhancement

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

BrainLesion/preprocessing#145 · Abierto el 17/7/2025
[DISCUSSION] How to setup `set_to_binary` in label groups. Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 38/100

BrainLesion/panoptica#219 · Abierto el 17/6/2025
[BUG] Currently breaking on Colab because of a potential colab issue: `ModuleNotFoundError: No module named 'numpy.strings'` Abierto

bug wontfix

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100

BrainLesion/panoptica#211 · 1 comentario · Abierto el 5/6/2025
[BUG] Modsort x86 Linux only runs from terminal with --no-sandbox add-on, does not open with double click Abierto

bug

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100

BrainLesion/modsort#12 · 2 comentarios · Abierto el 4/5/2025
[FEATURE] Easy to use tutorial for multiple classes Abierto

documentation enhancement tutorial

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

BrainLesion/panoptica#195 · 6 comentarios · Abierto el 23/4/2025
[FEATURE] more sophisticated unit tests also covering edge cases Abierto

enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

BrainLesion/panoptica#191 · Abierto el 16/4/2025
[FEATURE] Make cuda/gpu optional Abierto

enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

BrainLesion/preprocessing#117 · 1 comentario · Abierto el 23/3/2025
[FEATURE] evaluate reorient Abierto

enhancement

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

BrainLesion/preprocessing#110 · 2 comentarios · Abierto el 18/3/2025
[FEATURE] Metric system Overhaul Abierto

enhancement metric

BrainLesion/panoptica#181 · 1 asignado · Abierto el 18/2/2025
[FEATURE] aggregrated global evaluations Abierto

enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

BrainLesion/panoptica#168 · 2 comentarios · Abierto el 28/12/2024

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