BatchtoolsParam fails to propagate errors in bpiterate
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評価
調査の方向性
Start by reproducing the reprex at bpiterate with BatchtoolsParam, then compare its error handling with SerialParam, MulticoreParam, and SnowParam. Done means the failing callback propagates as an error rather than returning NULL results with an errors attribute, and bpok reports the failure consistently.
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
I've discovered a case where BatchtoolsParam behaves differently from other backends. Consider the following reprex:
library(BiocParallel)
library(iterators)
library(assertthat)
library(testthat)
## Convert a foreach iterator into a BiocParallel iterator
makeIter <- function(it) {
f <- function() {
tryCatch(it$nextElem(), error = function(e) {
if (e$message == "StopIteration") {
NULL
} else {
stop(e)
}
})
}
f
}
## Example non-error usage of makeIter
bpiterate(
makeIter(icount(10)),
sqrt,
BPPARAM = SerialParam()
)
#> [[1]]
#> [1] 1
#>
#> [[2]]
#> [1] 1.414214
#>
#> [[3]]
#> [1] 1.732051
#>
#> [[4]]
#> [1] 2
#>
#> [[5]]
#> [1] 2.236068
#>
#> [[6]]
#> [1] 2.44949
#>
#> [[7]]
#> [1] 2.645751
#>
#> [[8]]
#> [1] 2.828427
#>
#> [[9]]
#> [1] 3
#>
#> [[10]]
#> [1] 3.162278
## Correctly throws the error
expect_error(bpiterate(
makeIter(iterators::icount(10)),
function(x) stop("This function always throws an error"),
BPPARAM = SerialParam()
))
## Correctly throws the error
expect_error(bpiterate(
makeIter(iterators::icount(10)),
function(x) stop("This function always throws an error"),
BPPARAM = MulticoreParam(workers = 2)
))
## Correctly throws the error
expect_error(bpiterate(
makeIter(iterators::icount(10)),
function(x) stop("This function always throws an error"),
BPPARAM = SnowParam(workers = 2)
))
## Does not throw the error, but collects in attr(,"errors")
resList <- bpiterate(
makeIter(iterators::icount(10)),
function(x) stop("This function always throws an error"),
BPPARAM = BatchtoolsParam(cluster = "socket", workers = 2)
)
#> Submitting 10 jobs in 2 chunks using cluster functions 'Socket' ...
print(resList)
#> [[1]]
#> NULL
#>
#> [[2]]
#> NULL
#>
#> [[3]]
#> NULL
#>
#> [[4]]
#> NULL
#>
#> [[5]]
#> NULL
#>
#> [[6]]
#> NULL
#>
#> [[7]]
#> NULL
#>
#> [[8]]
#> NULL
#>
#> [[9]]
#> NULL
#>
#> [[10]]
#> NULL
#>
#> attr(,"errors")
#> attr(,"errors")$`10`
#> <unevaluated_error: not evaluated due to previous error>
#>
#> attr(,"errors")$`1`
#> <remote_error in FUN(...): This function always throws an error>
#> traceback() available as 'attr(x, "traceback")'
#>
#> attr(,"errors")$`2`
#> <unevaluated_error: not evaluated due to previous error>
#>
#> attr(,"errors")$`3`
#> <unevaluated_error: not evaluated due to previous error>
#>
#> attr(,"errors")$`4`
#> <unevaluated_error: not evaluated due to previous error>
#>
#> attr(,"errors")$`5`
#> <remote_error in FUN(...): This function always throws an error>
#> traceback() available as 'attr(x, "traceback")'
#>
#> attr(,"errors")$`6`
#> <unevaluated_error: not evaluated due to previous error>
#>
#> attr(,"errors")$`7`
#> <unevaluated_error: not evaluated due to previous error>
#>
#> attr(,"errors")$`8`
#> <unevaluated_error: not evaluated due to previous error>
#>
#> attr(,"errors")$`9`
#> <unevaluated_error: not evaluated due to previous error>
## This assertion fails
assert_that(!any(bpok(resList)))
#> Error: !any(bpok(resList)) is not TRUE
## This assertion passes
assert_that(!any(bpok(attr(resList, "errors"))))
#> [1] TRUE
Created on 2023-07-07 with reprex v2.0.2
With any other backend (SerialParam, MulticoreParam, SnowParam), the bpiterate call throws an error (verified here by calling expect_error). However, BatchtoolsParam does not throw an error and instead returns a list with all NULL elements and an attribute "errors" containing the errors thrown during iteration. Furthermore, bpok says this object is totally fine. I would expect BatchtoolsParam to behave the same as the other backends here.
- 主要言語
- R
- スター
- 69
- フォーク
- 32
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
環境構築
このプロジェクトの環境構築ファイルはまだ確認していません。まず README を読み、一般的な手順ははじめてのコントリビューションガイドを参照してください。
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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